Morphology Analysis
Once a new morphology is loaded, the analysis module is invoked and all the analysis kernels are performed. The analysis results are stored into a simplified structure that is mapped to show a fact sheet (per arbor) in the GUI of Blender. All the analysis kernels implemented in this module are discussed in this page.
When you toggle (or click on) the Morphology Analysis tab highlighted above, the following panel, or a similar one depending on the version of NeuroMorphoVis, will appear showing all the analysis results of the morphology.
By default, the analysis results of the entire morphology is selected.
Users can also display the analysis fact sheet per arbor by clicking on the checkbox of a specific arbor, for example the Apical Dendrite.
Similarly, the fact sheet of the Axon can be displayed by clicking on the Axon checkbox.
Users can export the analysis results into a text file that can be easily parsed by Python for user-specific tasks. An example is demonstrated below. Note that the results are reported for the whole morphology skeleton and on a per-arbor-basis as well.
********************************************************************************
WARNING: AUTO-GENERATED FILE FROM NEUROMORPHOVIS
********************************************************************************
- Contents
* Soma: Found
* Apical Dendrite: 1
* Basal Dendrites: 5
* Axon: 1
- NumberTips
* Morphology : 221
* ApicalDendrite : 8
* BasalDendrite0 : 15
* BasalDendrite1 : 4
* BasalDendrite2 : 4
* BasalDendrite3 : 3
* BasalDendrite4 : 4
* Axon : 183
- TotalNumberSamples
* Morphology : 5687
* ApicalDendrite : 164
* BasalDendrite0 : 483
* BasalDendrite1 : 59
* BasalDendrite2 : 31
* BasalDendrite3 : 64
* BasalDendrite4 : 121
* Axon : 4765
- TotalNumberSections
* Morphology : 436
* ApicalDendrite : 16
* BasalDendrite0 : 29
* BasalDendrite1 : 7
* BasalDendrite2 : 7
* BasalDendrite3 : 5
* BasalDendrite4 : 7
* Axon : 365
- MaximumBranchingOrder
* Morphology : 25
* ApicalDendrite : 5
* BasalDendrite0 : 7
* BasalDendrite1 : 3
* BasalDendrite2 : 3
* BasalDendrite3 : 3
* BasalDendrite4 : 3
* Axon : 25
- TotalNumberBifurcations
* Morphology : 214
* ApicalDendrite : 7
* BasalDendrite0 : 14
* BasalDendrite1 : 3
* BasalDendrite2 : 3
* BasalDendrite3 : 2
* BasalDendrite4 : 3
* Axon : 182
- TotalNumberTrifurcations
* Morphology : 0
* ApicalDendrite : 0
* BasalDendrite0 : 0
* BasalDendrite1 : 0
* BasalDendrite2 : 0
* BasalDendrite3 : 0
* BasalDendrite4 : 0
* Axon : 0
- MaximumPathDistance
* Morphology : 1255.6335399857505
* ApicalDendrite : 218.12639605896584
* BasalDendrite0 : 232.76639043354095
* BasalDendrite1 : 85.76046596248813
* BasalDendrite2 : 167.63841348329146
* BasalDendrite3 : 200.15755086077877
* BasalDendrite4 : 166.98234858489775
* Axon : 1255.6335399857505
- MinNumberSamplePerSection
* Morphology : 2
* ApicalDendrite : 2
* BasalDendrite0 : 2
* BasalDendrite1 : 3
* BasalDendrite2 : 2
* BasalDendrite3 : 2
* BasalDendrite4 : 4
* Axon : 2
- MaxNumberSamplePerSection
* Morphology : 180
* ApicalDendrite : 25
* BasalDendrite0 : 62
* BasalDendrite1 : 23
* BasalDendrite2 : 9
* BasalDendrite3 : 36
* BasalDendrite4 : 46
* Axon : 180
- AvgNumberSamplePerSection
* Morphology : 12.428571428571429
* ApicalDendrite : 11
* BasalDendrite0 : 17
* BasalDendrite1 : 9
* BasalDendrite2 : 5
* BasalDendrite3 : 13
* BasalDendrite4 : 18
* Axon : 14
- MinSampleRadius
* Morphology : 0.05999999865889549
* ApicalDendrite : 0.16500000655651093
* BasalDendrite0 : 0.16500000655651093
* BasalDendrite1 : 0.16500000655651093
* BasalDendrite2 : 0.16500000655651093
* BasalDendrite3 : 0.16500000655651093
* BasalDendrite4 : 0.16500000655651093
* Axon : 0.05999999865889549
- MaxSampleRadius
* Morphology : 1.3350000381469727
* ApicalDendrite : 1.3350000381469727
* BasalDendrite0 : 1.3350000381469727
* BasalDendrite1 : 0.6650000214576721
* BasalDendrite2 : 0.6650000214576721
* BasalDendrite3 : 0.6650000214576721
* BasalDendrite4 : 1.3350000381469727
* Axon : 0.6650000214576721
- AvgSampleRadius
* Morphology : 0.3198041808221506
* ApicalDendrite : 0.44319017168001407
* BasalDendrite0 : 0.4112207364926879
* BasalDendrite1 : 0.3287529423143882
* BasalDendrite2 : 0.22928572197755176
* BasalDendrite3 : 0.27427125074018066
* BasalDendrite4 : 0.382419877342291
* Axon : 0.16948856520794087
- ZeroRadiiSamples
* Morphology : 0
* ApicalDendrite : 0
* BasalDendrite0 : 0
* BasalDendrite1 : 0
* BasalDendrite2 : 0
* BasalDendrite3 : 0
* BasalDendrite4 : 0
* Axon : 0
- MinimumLocalBifurcationAngle
* Morphology : 3.57796688368366
* ApicalDendrite : 14.36077599312849
* BasalDendrite0 : 3.57796688368366
* BasalDendrite1 : 70.29769830642992
* BasalDendrite2 : 7.5615555237812595
* BasalDendrite3 : 7.126075399529402
* BasalDendrite4 : 11.31791322474267
* Axon : 15.503735299323015
- MaximumLocalBifurcationAngle
* Morphology : 164.62658165366787
* ApicalDendrite : 148.31389894910677
* BasalDendrite0 : 164.62658165366787
* BasalDendrite1 : 145.9717325344207
* BasalDendrite2 : 32.43439896091534
* BasalDendrite3 : 40.207372349538616
* BasalDendrite4 : 69.68069456185505
* Axon : 164.55450027611604
- AverageLocalBifurcationAngle
* Morphology : 54.79114270994801
* ApicalDendrite : 59.22865026966889
* BasalDendrite0 : 57.78289915785343
* BasalDendrite1 : 99.0255463654828
* BasalDendrite2 : 23.570344516426136
* BasalDendrite3 : 23.666723874534007
* BasalDendrite4 : 44.051971879734346
* Axon : 76.21186290593644
- MinimumGlobalBifurcationAngle
* Morphology : 6.918482245153682
* ApicalDendrite : 12.486211718267695
* BasalDendrite0 : 20.99495689580395
* BasalDendrite1 : 80.50637715941022
* BasalDendrite2 : 15.886283224555337
* BasalDendrite3 : 7.126075399529402
* BasalDendrite4 : 11.318017437959172
* Axon : 6.918482245153682
- MaximumGlobalBifurcationAngle
* Morphology : 165.90597826963776
* ApicalDendrite : 148.31452764523257
* BasalDendrite0 : 165.90597826963776
* BasalDendrite1 : 132.58560296076877
* BasalDendrite2 : 33.38727336020986
* BasalDendrite3 : 45.17012872513692
* BasalDendrite4 : 64.21079225600904
* Axon : 165.87142731733383
- AverageGlobalBifurcationAngle
* Morphology : 55.476880057477906
* ApicalDendrite : 59.98141808711581
* BasalDendrite0 : 58.24565031888595
* BasalDendrite1 : 99.16099165655244
* BasalDendrite2 : 27.23598518189351
* BasalDendrite3 : 26.14810206233316
* BasalDendrite4 : 41.02299879690644
* Axon : 76.543014298658
- TotalLength
* Morphology : 26498.193337706034
* ApicalDendrite : 529.0521841214616
* BasalDendrite0 : 1432.23955733071
* BasalDendrite1 : 236.0524336088577
* BasalDendrite2 : 267.94364543177977
* BasalDendrite3 : 271.5942739228305
* BasalDendrite4 : 329.87536352403777
* Axon : 23431.435879766355
- MinSectionLength
* Morphology : 1.2646496157843208
* ApicalDendrite : 3.227477288051743
* BasalDendrite0 : 4.28785454903952
* BasalDendrite1 : 5.528009461441497
* BasalDendrite2 : 10.374612927397619
* BasalDendrite3 : 8.08992102349849
* BasalDendrite4 : 5.659314606119379
* Axon : 1.2646496157843208
- MaxSectionLength
* Morphology : 558.2615079768385
* ApicalDendrite : 124.15381204170153
* BasalDendrite0 : 137.10364311714886
* BasalDendrite1 : 66.85104237275387
* BasalDendrite2 : 79.93420493857023
* BasalDendrite3 : 132.6457956622429
* BasalDendrite4 : 133.2764744116459
* Axon : 558.2615079768385
- AvgSectionLength
* Morphology : 45.72748482409075
* ApicalDendrite : 33.06576150759135
* BasalDendrite0 : 49.38757094243828
* BasalDendrite1 : 33.72177622983681
* BasalDendrite2 : 38.277663633111395
* BasalDendrite3 : 54.3188547845661
* BasalDendrite4 : 47.1250519320054
* Axon : 64.1957147390859
- ShortSections
* Morphology : 0
* ApicalDendrite : 0
* BasalDendrite0 : 0
* BasalDendrite1 : 0
* BasalDendrite2 : 0
* BasalDendrite3 : 0
* BasalDendrite4 : 0
* Axon : 0
- MinSegmentLength
* Morphology : 0.0
* ApicalDendrite : 0.0
* BasalDendrite0 : 0.0
* BasalDendrite1 : 0.297696561036134
* BasalDendrite2 : 4.827986193639946
* BasalDendrite3 : 0.7487705405574987
* BasalDendrite4 : 0.28658018275114344
* Axon : 0.0
- MaxSegmentLength
* Morphology : 57.15801926333499
* ApicalDendrite : 15.199680657624153
* BasalDendrite0 : 12.127460137985686
* BasalDendrite1 : 11.197524720658858
* BasalDendrite2 : 12.211040059523555
* BasalDendrite3 : 17.86360903901528
* BasalDendrite4 : 9.846171586829948
* Axon : 57.15801926333499
- AvgSegmentLength
* Morphology : 4.456701954776611
* ApicalDendrite : 3.245718920990561
* BasalDendrite0 : 2.97145136375666
* BasalDendrite1 : 4.069869544980305
* BasalDendrite2 : 8.931454847725993
* BasalDendrite3 : 4.311020220997308
* BasalDendrite4 : 2.7489613627003138
* Axon : 4.918437422285141
- ZeroLengthSegments
* Morphology : 7
* ApicalDendrite : 1
* BasalDendrite0 : 2
* BasalDendrite1 : 0
* BasalDendrite2 : 0
* BasalDendrite3 : 0
* BasalDendrite4 : 0
* Axon : 4
- TotalSurfaceArea
* Morphology : 15072.204565157092
* ApicalDendrite : 968.7003855803688
* BasalDendrite0 : 1945.1852600355649
* BasalDendrite1 : 243.57706563937043
* BasalDendrite2 : 135.32190949717193
* BasalDendrite3 : 296.7549607543266
* BasalDendrite4 : 524.3699608254759
* Axon : 10958.295022824814
- MinSectionSurfaceArea
* Morphology : 1.336926541148448
* ApicalDendrite : 2.0335560703184106
* BasalDendrite0 : 5.063707364935611
* BasalDendrite1 : 13.673101760982057
* BasalDendrite2 : 3.5103162411133586
* BasalDendrite3 : 3.119796268786571
* BasalDendrite4 : 9.873105000116215
* Axon : 1.336926541148448
- MaxSectionSurfaceArea
* Morphology : 411.5977445935064
* ApicalDendrite : 235.23737392523108
* BasalDendrite0 : 222.0762544821435
* BasalDendrite1 : 73.99076298649736
* BasalDendrite2 : 49.72136682836458
* BasalDendrite3 : 140.5430556675553
* BasalDendrite4 : 169.50432113124134
* Axon : 411.5977445935064
- AvgSurfaceAreaPerSection
* Morphology : 49.433037936720666
* ApicalDendrite : 60.54377409877305
* BasalDendrite0 : 67.07535379432983
* BasalDendrite1 : 34.79672366276721
* BasalDendrite2 : 19.331701356738847
* BasalDendrite3 : 59.350992150865316
* BasalDendrite4 : 74.90999440363942
* Axon : 30.022726089931
- TotalVolume
* Morphology : 3510.0240317164144
* ApicalDendrite : 434.5469895718237
* BasalDendrite0 : 568.1468882923327
* BasalDendrite1 : 74.25079505082435
* BasalDendrite2 : 47.64474055249167
* BasalDendrite3 : 107.50766204849623
* BasalDendrite4 : 144.47046012773532
* Axon : 2133.4564960727103
- MinSectionVolume
* Morphology : 0.048360518819304116
* ApicalDendrite : 0.2760457025189627
* BasalDendrite0 : 1.5117485243959667
* BasalDendrite1 : 3.2162990594380627
* BasalDendrite2 : 0.8873392616914597
* BasalDendrite3 : 0.6919298674918404
* BasalDendrite4 : 1.8206356220128133
* Axon : 0.048360518819304116
- MaxSectionVolume
* Morphology : 172.4857613804339
* ApicalDendrite : 172.4857613804339
* BasalDendrite0 : 49.29131737319211
* BasalDendrite1 : 21.977818755761177
* BasalDendrite2 : 22.013006247104418
* BasalDendrite3 : 48.58140382057628
* BasalDendrite4 : 42.19063781555643
* Axon : 67.26200479369278
- AvgSectionVolume
* Morphology : 16.02133752329496
* ApicalDendrite : 27.15918684823898
* BasalDendrite0 : 19.591272010080438
* BasalDendrite1 : 10.607256435832051
* BasalDendrite2 : 6.80639150749881
* BasalDendrite3 : 21.501532409699244
* BasalDendrite4 : 20.638637161105045
* Axon : 5.8450862906101655
Users can create a series of plots including distributions and per-arbor results by clicking on the Create Plots button.
Orthographic front projection of the neuron
Orthographic side projection of the neuron
Orthographic top projection of the neuron
The analysis results can be generated by setting the following parameter in the configuration file.
################################################################################
# ANALYSIS PARAMETERS
################################################################################
# Analyse the morphology skeleton, 'yes/no'
ANALYZE_MORPHOLOGY_SKELETON=yes-
Starting
-
Panels
-
Other Links
