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Community Partner Highlight - CICADA

catalystbook/blog/community-highlight-cicada-en.md

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+blogpost: true
+date: Oct 28, 2024
+author: Katie Pratt (CSCCE), Sabrina López (MetaDocencia)
+tags: Community Partners
+language: English
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+# Community Partner Highlight - Centro Interdisciplinario en Ciencia de Datos y Aprendizaje Automático (CICADA)
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+*This blog post is part of a series highlighting the [Catalyst Project’s Community Partners](../current-community-partners.md), who are using the Catalyst Project cloud infrastructure to further various projects in the biosciences. Community Partners also play a vital role in shaping our governance model to help us sustain, scale and maximise impact in Latin America, Africa, and under-served communities around the world.*
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+In this blog post, María Inés Fariello Rico shares how partnering with the Catalyst Project is impacting the Centro Interdisciplinario en Ciencia de Datos y Aprendizaje Automático (CICADA) in Uruguay.
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+**Could you introduce yourself to our readers? Tell us about your organisation/institute/project and the research the members of your community are working on right now.**
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+I am María Inés Fariello, a.k.a. Maine, and part of CICADA, an interdisciplinary center researching data science and machine learning. We have several projects that include bio-scientific research, such as ecology, bioimaging, neuroscience, and genomics. We are using the services provided by the Catalyst Project for analysing Uruguayan population data to understand patterns of migration, how much of the native footprint remains, and what can be said about the people who lived in the Uruguayan territory before the arrival of Europeans. We are 5 female researchers using the hub, but the entire CICADA team has around 25 members.
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+:::{pull-quote}
+"The Catalyst Project allows us to work in a collaborative way that is easy to use. The trainings are attractive, as they are respectful of the people, no previous knowledge is assumed, and the instructors are welcoming. So, it invites people to participate in the courses. As the knowledge of the courses is so clear and the provided materials too, it is easy to share the knowledge with other people."
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+**What are you specifically using the cloud infrastructure for? What kinds of data are stored there? What software packages does your community use?**
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+We did a national genome sampling of around 850 individuals (Uruguay has 3.5 million people). For analysing genomes, we perform pre-processing of samples locally, and then once we have the genomes in a Variant Call Format (VCF) we put them in the hub, where we use mostly Python.
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+Working with the infrastructure provided by the Catalyst Project gives us computing power and makes it easier to collaborate, as it is more comfortable than working in clusters. We have not used the Catalyst infrastructure for education purposes yet, but are planning to use it for a bioinformatics course (human genomics) that is scheduled for October of 2025.
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+**Can you tell us about your experience with the Catalyst Project so far? E.g., have you participated in any training options through Catalyst? What have you enjoyed most so far?**
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+My colleague Graciana Castro and I participated in the [2i2c Hub Champion Training](../training.md) and it was very helpful. In fact, we began to use the hub immediately after that training. All the people involved in the Catalyst Project have been kind and helpful. I am looking forward to participating in The Carpentries Instructor Training delivered by MetaDocencia soon.
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+:::{figure} ../images/blog/community-partner-highlights/cicada.jpg
+:alt: A photo of a woman pointing at a laptop showing the Catalyst hub interface.
+This photo shows CICADA researchers Lucía and Micaela using the infrastructure to analyse worldwide genomic data.
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+*Photo courtesy of María Inés Fariello Rico.*

catalystbook/blog/community-highlight-cicada-es.md

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+blogpost: true
+date: Oct 28, 2024
+author: Katie Pratt (CSCCE), Kevin Cabana, (MetaDocencia), Sabrina López (MetaDocencia)
+tags: Comunidades asociadas
+language: Español
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+# Comunidad Asociada Destacada - Centro Interdisciplinario en Ciencia de Datos y Aprendizaje Automático (CICADA)
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+*Esta publicación es parte de una serie que destaca a [las Comunidades asociadas del Proyecto Catalyst](../current-community-partners.md), quienes están utilizando la infraestructura en la nube del Proyecto Catalyst para avanzar en diversos proyectos en las biociencias. Nuestras Comunidades asociadas también juegan un papel vital en la configuración de nuestro modelo de gobernanza, ayudándonos a sostener, escalar y maximizar el impacto en América Latina, África y comunidades desatendidas en todo el mundo.*
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+En esta publicación, María Inés Fariello Rico comparte cómo la asociación con el Proyecto Catalyst está impactando al Centro Interdisciplinario en Ciencia de Datos y Aprendizaje Automático (CICADA) en Uruguay.
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+**¿Podrías presentarte a nuestros lectores? Cuéntanos sobre tu organización/instituto/proyecto y sobre la investigación en la que está trabajando actualmente tu comunidad.**
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+Soy María Inés Fariello, también conocida como Maine, y formo parte de CICADA, un centro interdisciplinario que investiga ciencia de datos y aprendizaje automático. Tenemos varios proyectos que incluyen investigación bio-científica, como ecología, bioimagen, neurociencia y genómica. Estamos utilizando los servicios proporcionados por el Proyecto Catalyst para analizar datos de la población uruguaya y comprender patrones de migración, cuánto permanece de la huella nativa y qué se puede decir sobre las personas que vivían en el territorio uruguayo antes de la llegada de los europeos. Somos cinco investigadoras usando el hub, pero todo el equipo de CICADA tiene alrededor de 25 miembros.
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+:::{pull-quote}
+"El Proyecto Catalyst nos permite trabajar de manera fácil y colaborativa. Las capacitaciones son atractivas, ya que son respetuosas con las personas, no se asume conocimiento previo, y los instructores son amables. De ese modo, invita a las personas a participar en los cursos. Como el conocimiento de los cursos es tan claro y los materiales proporcionados también, es fácil compartirlo con otras personas."
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+**¿Qué uso específico le están dando a la infraestructura en la nube? ¿Qué tipo de datos almacenan allí? ¿Qué paquetes de software utiliza tu comunidad?**
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+Hicimos un muestreo genómico nacional de alrededor de 850 individuos (Uruguay tiene 3,5 millones de personas). Para analizar los genomas, realizamos el preprocesamiento de las muestras localmente y, una vez que tenemos los genomas en un formato de archivo de variantes (VCF, por Variant Call Format), los subimos al hub, donde utilizamos mayormente Python.
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+Trabajar con la infraestructura proporcionada por el Proyecto Catalyst nos brinda potencia de cómputo y facilita la colaboración, ya que es más cómodo que trabajar en clusters. Aún no hemos utilizado la infraestructura de Catalyst para fines educativos, pero planeamos usarla para un curso de bioinformática (genómica humana) que está programado para octubre de 2025.
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+**¿Podrías contarnos cómo fue hasta ahora tu experiencia con el Proyecto Catalyst? Por ejemplo, ¿has participado en alguna capacitación ofrecida por Catalyst? ¿Qué es lo que has disfrutado más?**
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+Mi colega Graciana Castro y yo participamos en [el entrenamiento de 2i2c para Campeones y Campeonas del Hub](../training.md) y fue muy útil. De hecho, comenzamos a utilizar el hub inmediatamente después de esa capacitación. Todas las personas involucradas en el Proyecto Catalyst han sido amables y serviciales. Estoy deseando participar pronto en la capacitación de instructores de The Carpentries ofrecida por MetaDocencia.
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+:::{figure} ../images/blog/community-partner-highlights/cicada.jpg
+:alt: A photo of a woman pointing at a laptop showing the Catalyst hub interface.
+Esta foto muestra a las investigadoras de CICADA, Lucía y Micaela, utilizando la infraestructura para analizar datos genómicos a nivel mundial.
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+*Foto cortesía de María Inés Fariello Rico.*