Corrections script, rapport et instructions

R/urchin_bio.R

@@ -0,0 +1,27 @@
+# Découverte du jeu de données portant sur la biométrie d'oursins
+# Author : ...
+# Date : 2018-09-..
+
+
+# setup -------------------------------------------------------------------
+# Importation des principaux outils et paramétrisation
+SciViews::R
+options(data.io_lang = "fr") # Labels en français
+
+
+# importation -------------------------------------------------------------
+urchin <- read("urchin_bio", package = "data.io")
+
+.?urchin
+View(urchin)
+
+
+# graphiques --------------------------------------------------------------
+
+# hauteur en fonction de la masse des oursins
+
+
+# parties solides en fonction du poids immergés
+
+
+# ...

README.md

@@ -1,44 +1,42 @@
-# Travaux pratiques sur la science des données : visualisation et inférence
-## Biométrie de *Paracentrotus lividus* Lamarck (1816)
+# Biométrie de *Paracentrotus lividus* Lamarck (1816)
 
 ## Introduction
 
 Les données employées dans le cadre de cette étude proviennent des recherches du professeur Philippe Grosjean portant sur la croissance de *Paracentrotus lividus* Lamarck (1816). 
 
-Vous trouverez des informations importantes via la fonction 
+Vous trouverez des informations importantes depuis R comme ceci :
 
 ```
-about("urchin_bio")
+?urchin_bio
 ```
 
-## Module 2 
+## Instructions
 
-### Visualisation graphique à l'aide du nuage de points.
+Vous pouvez vous inspirer d'un exemple d'analyse sur le jeu de données `iris`, voir [sdd1_iris](https://github.com/BioDataScience-Course/sdd1_iris).
 
-Réalisez votre propre script et réalisez les graphiques suivants :
 
-- Représentez la variation de la hauteur en fonction de la masse des oursins
+### Partie 1 : travail avec les scripts R
 
-- Représentez la variation des parties solides en fonction du poids immergés des oursins
+- Ouvrez /R/urchin_bio.R
 
-- Explorez par vous-même le jeu de données urchin_bio qui contient pas moins de 19 variables que vous pouvez tentez d’associer graphiquement. Réalisez au moins 5 graphiques différents.
+- Etudiez le contenu du fichier, et voyez l'aide en ligne
 
-Vous trouvez à votre disposition dans le dossier `R` 
+- Représentez la hauteur en fonction de la masse des oursins
 
-- Un script à compléter portant sur le jeu de données `urchin_bio`
+- Représentez les parties solides en fonction de la masse immergées des oursins
 
-Un exemple de script portant sur le jeu de données `iris` se trouve dans le dossier R du projet [sdd1_iris](https://github.com/BioDataScience-Course/sdd1_iris).
+- Explorez par vous-même le jeu de données urchin qui contient pas moins de 19 variables que vous pouvez représenter graphiquement. Réalisez au moins 5 graphiques différents.
 
-### Intégration des graphiques dans un rapport : Rmarkdown.
 
-Vous trouvez à votre disposition dans le dossier `analysis`
+### Partie 2 : rapport R Markdown
 
-- Un fichier `urchin_biom_analysis.Rmd`, analysez le jeu de données `urchin_bio`
+- Un embryon de rapport se trouve dans le sous-dossier `analysis`
 
-- Intégrez vos graphiques les plus pertinent dans la section résultat de votre rapport d'analyse. 
-- Débutez la rédaction de votre rapport en apportant une attention toute particulière à la rédaction correcte d'un rapport scientifique
+- Insérez vos graphiques les plus pertinents (issu de votre travail dan la partie 1) dans la section résultat de votre rapport d'analyse. 
+- Débutez la rédaction de votre rapport en apportant une attention toute particulière à la structure et au style scientifique (inspirez-vous du rapport sur `iris`).
 
-Un exemple de rapport portant sur le jeu de données `iris` se trouve dans le dossier analysis du projet [sdd1_iris](https://github.com/BioDataScience-Course/sdd1_iris).
+**Bonus :**
 
-**Bonus : Tentez d'ajouter une image dans votre introduction de rapport**
+- Ajoutez une ou deux images dans votre introduction de rapport (vous trouverez ces images dans le sous-dossier `figures`).
 
+- Citez la référence bibliographique qui se trouve dans le sous-dossier `bibliography`.

analysis/urchin_bio.Rmd

@@ -0,0 +1,17 @@
+---
+title: "..."
+author: "..."
+date: "..."
+output: html_notebook
+---
+
+```{r setup}
+SciViews::R
+options(data.io_lang = "fr") # Labels en français
+```
+
+
+```{r importation}
+urchin <- read("urchin_bio", package = "data.io")
+```
+

analysis/urchin_bio_analysis.nb.html → analysis/urchin_bio.nb.html

@@ -147,7 +147,7 @@
 </style>
 <script>
 $(document).ready(function () {
-  window.initializeSourceEmbed("urchin_bio_analysis.Rmd");
+  window.initializeSourceEmbed("urchin_bio.Rmd");
   window.initializeCodeFolding("show" === "show");
 });
 </script>
@@ -181,22 +181,15 @@ <h4 class="date"><em>…</em></h4>
 <!-- rnb-text-begin -->
 <!-- rnb-text-end -->
 <!-- rnb-chunk-begin -->
-<!-- rnb-source-begin eyJkYXRhIjoiYGBgclxuU2NpVmlld3M6OlJcbm9wdGlvbnMoZGF0YS5pb19sYW5nID0gXCJmclwiKVxuYGBgIn0= -->
-<pre class="r"><code>SciViews::R
-options(data.io_lang = &quot;fr&quot;)</code></pre>
-<!-- rnb-source-end -->
 <!-- rnb-chunk-end -->
 <!-- rnb-text-begin -->
 <!-- rnb-text-end -->
 <!-- rnb-chunk-begin -->
-<!-- rnb-source-begin eyJkYXRhIjoiYGBgclxudXJjaGluX2JpbyA8LSByZWFkKHBhY2thZ2UgPSBcImRhdGEuaW9cIiwgXCJ1cmNoaW5fYmlvXCIpXG5gYGAifQ== -->
-<pre class="r"><code>urchin_bio &lt;- read(package = &quot;data.io&quot;, &quot;urchin_bio&quot;)</code></pre>
-<!-- rnb-source-end -->
 <!-- rnb-chunk-end -->
 <!-- rnb-text-begin -->
 <!-- rnb-text-end -->
 
-<div id="rmd-source-code">LS0tCnRpdGxlOiAiLi4uIgphdXRob3I6ICIuLi4iCmRhdGU6ICIuLi4iCm91dHB1dDogaHRtbF9ub3RlYm9vawotLS0KCmBgYHtyIHNldHVwc30KU2NpVmlld3M6OlIKb3B0aW9ucyhkYXRhLmlvX2xhbmcgPSAiZnIiKQpgYGAKCgpgYGB7cn0KdXJjaGluX2JpbyA8LSByZWFkKHBhY2thZ2UgPSAiZGF0YS5pbyIsICJ1cmNoaW5fYmlvIikKYGBgCgo=</div>
+<div id="rmd-source-code">LS0tCnRpdGxlOiAiLi4uIgphdXRob3I6ICIuLi4iCmRhdGU6ICIuLi4iCm91dHB1dDogaHRtbF9ub3RlYm9vawotLS0KCmBgYHtyIHNldHVwfQpTY2lWaWV3czo6UgpvcHRpb25zKGRhdGEuaW9fbGFuZyA9ICJmciIpICMgTGFiZWxzIGVuIGZyYW7Dp2FpcwpgYGAKCgpgYGB7ciBpbXBvcnRhdGlvbn0KdXJjaGluIDwtIHJlYWQoInVyY2hpbl9iaW8iLCBwYWNrYWdlID0gImRhdGEuaW8iKQpgYGAKCg==</div>