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BioDataScience-Course · Sep 18, 2018 · 1c6e37a · 1c6e37a
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diff --git a/R/first_analysis_urchin_bio.R b/R/first_analysis_urchin_bio.R
@@ -1,20 +1,22 @@
-# Découverte du jeu de données portant sur la biometrue d'oursins
+# Découverte du jeu de données portant sur la biometiue d'oursins
 # Author : ...
 # Date : 2018-09-..
 
 # Importation des principaux outils permetant l'analyse des données
 SciViews::R
+options(data.io_lang = "fr")
 
 # Importation des données
-ub <- read(package = "data.io", "urchin_bio", lang = "fr")
+urchin_bio <- read(package = "data.io", "urchin_bio")
 
 # Information sur le jeu de données dans R
-about("ub")
+about("urchin_bio")
 
 # Réalisation de graphique ####
 ## hauteur en fonction de la masse des oursins
 
 
 ## parties solides en fonction du poids immergés
 
+
 ## ...
diff --git a/README.md b/README.md
@@ -18,16 +18,16 @@ about("urchin_bio")
 Réalisez votre propre script et réalisez les graphiques suivants :
 
 - Représentez la variation de la hauteur en fonction de la masse des oursins
+
 - Représentez la variation des parties solides en fonction du poids immergés des oursins
-- Explorez par vous-même le jeu de données urchin_bio qui contient pas moins de 19 variables que vous pouvez tentez d’associer graphiquement.
 
-Réalisez au moins 5 graphiques différents.
+- Explorez par vous-même le jeu de données urchin_bio qui contient pas moins de 19 variables que vous pouvez tentez d’associer graphiquement. Réalisez au moins 5 graphiques différents.
 
 Vous trouvez à votre disposition dans le dossier `R` 
 
 - Un script à compléter portant sur le jeu de données `urchin_bio`
 
-Un exemple de script portant sur le jeu de données `iris` se trouve dans le dossier R du projet `sdd1_iris`
+Un exemple de script portant sur le jeu de données `iris` se trouve dans le dossier R du projet [sdd1_iris](https://github.com/BioDataScience-Course/sdd1_iris).
 
 ### Intégration des graphiques dans un rapport : Rmarkdown.
 
@@ -38,6 +38,7 @@ Vous trouvez à votre disposition dans le dossier `analysis`
 - Intégrez vos graphiques les plus pertinent dans la section résultat de votre rapport d'analyse. 
 - Débutez la rédaction de votre rapport en apportant une attention toute particulière à la rédaction correcte d'un rapport scientifique
 
-Un exemple de rapport portant sur le jeu de données `iris` se trouve dans le dossier analysis du projet `sdd1_iris`.
+Un exemple de rapport portant sur le jeu de données `iris` se trouve dans le dossier analysis du projet [sdd1_iris](https://github.com/BioDataScience-Course/sdd1_iris).
 
 **Bonus : Tentez d'ajouter une image dans votre introduction de rapport**
+
diff --git a/analysis/bibliography/bibliography.bib b/analysis/bibliography/bibliography.bib
@@ -0,0 +1,9 @@
+@article{article,
+author = {Grosjean, Philippe and Spirlet, Christine and Gosselin, Pol and Vaïtilingon, D and Jangoux, Michel},
+year = {1998},
+month = {12},
+pages = {1523-1531},
+title = {Land-based, closed-cycle echiniculture of Paracentrotus lividus (Lamarck) (Echinoidea: Echinodermata): A long-term experiment at a pilot scale},
+volume = {17},
+booktitle = {Journal of Shellfish Research}
+}
diff --git a/analysis/bibliography/grosjean_1996_experimental_study_growth_paracentrotus_lividus.pdf b/analysis/bibliography/grosjean_1996_experimental_study_growth_paracentrotus_lividus.pdf
diff --git a/analysis/biometry_analysis.Rmd → analysis/urchin_bio_analysis.Rmd b/analysis/biometry_analysis.Rmd → analysis/urchin_bio_analysis.Rmd
@@ -7,9 +7,11 @@ output: html_notebook
 
 ```{r setups}
 SciViews::R
+options(data.io_lang = "fr")
 ```
 
+
 ```{r}
-bio <- read("../data/biometry_2014.xlsx")
+urchin_bio <- read(package = "data.io", "urchin_bio")
 ```
 
diff --git a/analysis/biometry_analysis.nb.html → analysis/urchin_bio_analysis.nb.html b/analysis/biometry_analysis.nb.html → analysis/urchin_bio_analysis.nb.html
@@ -147,7 +147,7 @@
 </style>
 <script>
 $(document).ready(function () {
-  window.initializeSourceEmbed("biometry_analysis.Rmd");
+  window.initializeSourceEmbed("urchin_bio_analysis.Rmd");
   window.initializeCodeFolding("show" === "show");
 });
 </script>
@@ -181,21 +181,22 @@ <h4 class="date"><em>…</em></h4>
 <!-- rnb-text-begin -->
 <!-- rnb-text-end -->
 <!-- rnb-chunk-begin -->
-<!-- rnb-source-begin eyJkYXRhIjoiYGBgclxuU2NpVmlld3M6OlJcbmBgYCJ9 -->
-<pre class="r"><code>SciViews::R</code></pre>
+<!-- rnb-source-begin eyJkYXRhIjoiYGBgclxuU2NpVmlld3M6OlJcbm9wdGlvbnMoZGF0YS5pb19sYW5nID0gXCJmclwiKVxuYGBgIn0= -->
+<pre class="r"><code>SciViews::R
+options(data.io_lang = &quot;fr&quot;)</code></pre>
 <!-- rnb-source-end -->
 <!-- rnb-chunk-end -->
 <!-- rnb-text-begin -->
 <!-- rnb-text-end -->
 <!-- rnb-chunk-begin -->
-<!-- rnb-source-begin eyJkYXRhIjoiYGBgclxuYmlvIDwtIHJlYWQoXCIuLi9kYXRhL2Jpb21ldHJ5XzIwMTQueGxzeFwiKVxuYGBgIn0= -->
-<pre class="r"><code>bio &lt;- read(&quot;../data/biometry_2014.xlsx&quot;)</code></pre>
+<!-- rnb-source-begin eyJkYXRhIjoiYGBgclxudXJjaGluX2JpbyA8LSByZWFkKHBhY2thZ2UgPSBcImRhdGEuaW9cIiwgXCJ1cmNoaW5fYmlvXCIpXG5gYGAifQ== -->
+<pre class="r"><code>urchin_bio &lt;- read(package = &quot;data.io&quot;, &quot;urchin_bio&quot;)</code></pre>
 <!-- rnb-source-end -->
 <!-- rnb-chunk-end -->
 <!-- rnb-text-begin -->
 <!-- rnb-text-end -->
 
-<div id="rmd-source-code">LS0tCnRpdGxlOiAiLi4uIgphdXRob3I6ICIuLi4iCmRhdGU6ICIuLi4iCm91dHB1dDogaHRtbF9ub3RlYm9vawotLS0KCmBgYHtyIHNldHVwc30KU2NpVmlld3M6OlIKYGBgCgpgYGB7cn0KYmlvIDwtIHJlYWQoIi4uL2RhdGEvYmlvbWV0cnlfMjAxNC54bHN4IikKYGBgCgo=</div>
+<div id="rmd-source-code">LS0tCnRpdGxlOiAiLi4uIgphdXRob3I6ICIuLi4iCmRhdGU6ICIuLi4iCm91dHB1dDogaHRtbF9ub3RlYm9vawotLS0KCmBgYHtyIHNldHVwc30KU2NpVmlld3M6OlIKb3B0aW9ucyhkYXRhLmlvX2xhbmcgPSAiZnIiKQpgYGAKCgpgYGB7cn0KdXJjaGluX2JpbyA8LSByZWFkKHBhY2thZ2UgPSAiZGF0YS5pbyIsICJ1cmNoaW5fYmlvIikKYGBgCgo=</div>