Добавить в тесты функции replaceExpressions заглушку для fs.writeFile, чтобы файл script не перезаписывался при каждом запуске тестов.
В тест на успех добавить шпиона, который проверяет, что модуль logger.js вызвался один раз.
Документация:
sinon stub - http://sinonjs.org/releases/v4.0.1/stubs/
sinon spy - http://sinonjs.org/releases/v4.0.1/spies/