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Tutorial.ja.alignment.md

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+## アライメント (Bio::Alignment クラス)
+
+Bio::Alignment クラスは配列のアライメントを格納するためのコンテナです。 Ruby の Hash や Array に似た操作が可能で、BioPerl の Bio::SimpleAlign に似た感じになっています。以下に簡単な使い方を示します。
+
+```ruby
+require 'bio'
+
+seqs = [ 'atgca', 'aagca', 'acgca', 'acgcg' ]
+seqs = seqs.collect{ |x| Bio::Sequence::NA.new(x) }
+
+# アライメントオブジェクトを作成
+a = Bio::Alignment.new(seqs)
+
+# コンセンサス配列を表示
+p a.consensus             # ==> "a?gc?"
+
+# IUPAC 標準の曖昧な塩基を使用したコンセンサス配列を表示
+p a.consensus_iupac       # ==> "ahgcr"
+
+# 各配列について繰り返す
+a.each { |x| p x }
+  # ==>
+  #    "atgca"
+  #    "aagca"
+  #    "acgca"
+  #    "acgcg"
+
+# 各サイトについて繰り返す
+a.each_site { |x| p x }
+  # ==>
+  #    ["a", "a", "a", "a"]
+  #    ["t", "a", "c", "c"]
+  #    ["g", "g", "g", "g"]
+  #    ["c", "c", "c", "c"]
+  #    ["a", "a", "a", "g"]
+
+# Clustal W を使用してアライメントを行う。
+# 'clustalw' コマンドがシステムにインストールされている必要がある。
+factory = Bio::ClustalW.new
+a2 = a.do_align(factory)
+```