DamonaPipeline

SLURM bash scripts for running the Damona pipeline.

Name		Name	Last commit message	Last commit date
Latest commit History 32 Commits
0.create.dirs.sh		0.create.dirs.sh
04.cram.freebayes.sh		04.cram.freebayes.sh
1.map.illumina.sh		1.map.illumina.sh
2.stats.dedup.sh		2.stats.dedup.sh
3.gatk.preprocess.sh		3.gatk.preprocess.sh
4.5.catGVCF.by.sample.sh		4.5.catGVCF.by.sample.sh
4.5.combine.all.sh		4.5.combine.all.sh
4.5.combine.by.sample.sh		4.5.combine.by.sample.sh
4.freeb.para.sh		4.freeb.para.sh
4.freebayes.sh		4.freebayes.sh
4.gatk.hc.indv.sh		4.gatk.hc.indv.sh
4.gatk.hc.sh		4.gatk.hc.sh
4.gatk.ug.sh		4.gatk.ug.sh
4.platypus.sh		4.platypus.sh
5.gatk.hc.genotype.sh		5.gatk.hc.genotype.sh
5.queue.hc.genotype.sh		5.queue.hc.genotype.sh
6.select.denovos.sh		6.select.denovos.sh
7.annotate.vcf.sh		7.annotate.vcf.sh
8.merge.bams.sh		8.merge.bams.sh
README.md		README.md
Utils.convert.cram2bam.sh		Utils.convert.cram2bam.sh
Utils.convert2cram.sh		Utils.convert2cram.sh
Utils.index.sh		Utils.index.sh
genotypeGVCFs.scala		genotypeGVCFs.scala

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