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SyntaxSmith/nature-writing-skill

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nature-writing-skill

Claude Code / Codex skill — 面向中国 AI / ML 研究者,主投 Nature Machine Intelligence、次投 Nature Communications / Nature Computational Science、必要时冲刺 Nature 的论文写作技能。

把"能过审的 arXiv 风格"打磨成"Nature 系审稿人读完会说 well-written, clearly motivated, compelling, careful, and hard to put down 的论文"——本 skill 是 44 篇开放获取论文逐句抽取出来的 craft + taste + story-craft 手册,覆盖 abstract / intro / results / methods / discussion / figure 全链路。


是什么

部分 文件 内容
写作 skill SKILL.md 骨架公式、写作顺序、按任务加载的 routing table、提交前 checklist、屏幕边 quick card、44 篇语料附录
写作细节 references/01-story.md15-taste-development.md 15 个主题文件,按需 Read
配图 skill FIGURE-SKILL.md Fig. 1 schematic 6 种构图、Wong/Okabe-Ito 8 色、字体字号、matplotlib/ggplot 模板、Illustrator 拼版流程
配图细节 figure-references/01..12-*.md 12 个主题文件,按需 Read
语料 extracts/01-singlecell.md07-ai-methods.md 7 类领域 / 44 篇 OA 论文的 verbatim 抽取,所有引文可 grep 回原文
抽取方法 _framework.md 重建 / 扩充时参考

为什么"瘦索引 + 按需加载"

写作不是线性的。SKILL.md 只保留全局看得见的部分(骨架、顺序、checklist、quick card),其余 4000+ 行细节拆到 references/,按 routing 表只 Read 1–2 个文件——避免把整本手册塞进 context window。

你正在做什么 Read
写 abstract references/03-abstract.md
写 Results 子节 references/05-results.md + FIGURE-SKILL.md
自审稿 references/09-reviewer-protocol.md + references/13-antipatterns.md
选投哪个刊 references/14-journals.md
卡在一句话上 references/08-sentence-taste.md
长期 taste 培养 references/15-taste-development.md

完整 routing 表见 SKILL.md §1。


安装

Claude Code

# 用户级(所有项目都能用)
git clone https://github.com/SyntaxSmith/nature-writing-skill.git ~/.claude/skills/nature-writing

# 或项目级(仅当前项目)
git clone https://github.com/SyntaxSmith/nature-writing-skill.git .claude/skills/nature-writing

Claude Code 启动后会自动读取 SKILL.md 的 frontmatter。在对话里输入 /nature-writing 触发,或直接自然语言:"用 nature-writing skill 帮我打磨这段 abstract"。

Codex CLI

Codex 没有 skill 概念,把仓库 clone 到任意位置,然后在项目 AGENTS.md 里加指针:

git clone https://github.com/SyntaxSmith/nature-writing-skill.git ~/skills/nature-writing
<!-- AGENTS.md -->
## Writing for Nature-family journals
When drafting or revising papers for NMI / NC / NCS / Nature, first read
`~/skills/nature-writing/SKILL.md`, then load only the relevant
`references/*.md` per the routing table in §1.1.

或临时把对应章节作为附件丢给 Codex:

codex "@~/skills/nature-writing/references/03-abstract.md 用这一节检查我的 abstract"

其他 agent / chatbot

SKILL.md 是纯 Markdown,没有专属语法。任何能读文件的 LLM 工具(Cursor、Continue、Aider、ChatGPT custom GPT、Gemini Code Assist……)都可以把它当 system prompt 或附件用。


用法示例

写 abstract

> 我有一段 ML 方法论文的 abstract,请用 nature-writing skill 检查 pivot、
  KEY-RESULT 是否有 named baseline、outlook 动词是否与证据强度匹配。

[paste abstract]

自审稿(5-pass harsh referee)

> 用 references/09-reviewer-protocol.md 的 SNEER / NOD / ASK / CUT 协议
  审一遍我的 Results 章节,每段给 invisible answer。

提交前总扫

> 跑一遍 SKILL.md §2 的 checklist,每条标 ✅ / ⚠️ / ❌,
  ⚠️ 和 ❌ 给具体修改建议。

子门类剧本

> 这是一篇 LLM-agent 论文,按 references/12-subgenres.md 的剧本检查:
  prompt 报告完整性、tool schema 在不在 SI、外部 API 版本和 date 有没有写。

目录结构

.
├── SKILL.md                 # 写作 skill 瘦索引(必读)
├── FIGURE-SKILL.md          # 配图 skill 瘦索引
├── _framework.md            # 抽取方法论
├── references/              # 15 个写作细节文件
│   ├── 01-story.md          # 7 种 canonical story shapes、Fig. 1 四种功能
│   ├── 02-title.md          # Title 6 种定式
│   ├── 03-abstract.md       # 5–8 句句式图、Two-gap、carve-out
│   ├── 04-intro.md          # 漏斗 4–6 段、6 种 hook、GAP 词库
│   ├── 05-results.md        # 标题三风格、figure call-out、统计写法、ablation
│   ├── 06-methods.md        # 复现性三处呼应、LLM-agent 专用清单
│   ├── 07-discussion.md     # Outlook 动词等级、Limitation as boundary
│   ├── 08-sentence-taste.md # rhythm、经济、restraint、negative space
│   ├── 09-reviewer-protocol.md
│   ├── 10-voice.md          # DeepMind / NMI / NC / NCS / 临床 5 种 voice
│   ├── 11-language-bank.md  # 强动词 / hedge / 段间连接
│   ├── 12-subgenres.md      # 7 个子门类剧本
│   ├── 13-antipatterns.md
│   ├── 14-journals.md       # 各刊 voice 与策略
│   └── 15-taste-development.md
├── figure-references/       # 12 个配图细节文件
├── extracts/                # 7 个语料文件 / 44 篇 OA 论文 verbatim
└── archive/SKILL.v3.md      # 上一代 craft-only 版(保留供参考)

语料来源(44 篇 OA 论文)

# 领域 论文 刊物
1–6 单细胞基因组 Geneformer · SCimilarity · Tangram · scIB · CellOracle · CellFM Nature × 3 / Nat Methods × 2 / NC
7–12 蛋白 / 结构 AI AlphaFold2 · ESM-2 · ProteinMPNN · RFdiffusion · AlphaMissense · Foldseek Nature × 2 / Science × 3 / Nat Biotechnol
13–18 物理 / 气候 / 材料 GraphCast · GenCast · DIMON · M3GNet · HINTS · GNoME Science / Nature × 2 / NCS × 2 / NMI
19–24 药物发现 DynamicBind · Wong-MRSA · Halicin · SyntheMol · RetroExplainer · DRAGONFLY NC × 4 / Nature / Cell
25–30 临床 AI MedSAM · UNI · CONCH · Virchow · MedPerf · Ferber-GPT4V Nat Med × 3 / NC × 2 / NMI
31–36 ML 通用 / 基础模型 ChemCrow · AlphaGeometry · MolE · SemanticLens · Cancer-Imaging-FM · FunSearch NMI × 4 / Nature × 2 / NC
37–44 纯 AI 方法 (v5 新增) DeepSeek-R1 · Densing-law · AligNet · ADeLe · Webb-MAP · DiscoRL · Farquhar-semantic-entropy · Whitelam-Simmering Nature × 5 / NMI / NC × 2

所有引文均来自开放获取论文(CC-BY 等 license),用于学术评论 / 写作教学。原作者保留版权。


如何扩展

新增第 8 类领域 / 第 45 篇论文:

  1. _framework.md 的抽取格式,在 extracts/ 下加新文件。
  2. 把新句式 / 新模板回灌到对应 references/*.md(不是 SKILL.md,后者保持瘦索引)。
  3. 更新 SKILL.md 附录 A 的 corpus 表 + references/README.md 的目录。

License

  • 代码 / Markdown 结构 / 抽取框架:MIT
  • verbatim 引文:原作者保留版权,使用时遵守对应 OA license。本仓库属于学术评论 / 教学用途。

Patron sentence

"Many problems in mathematical sciences are easy to evaluate, despite being typically hard to solve."
— FunSearch (Romera-Paredes et al., Nature 2024)

写论文这件事正相反:易写难精。这把 skill 的目标,是让写得"对"和写得"好"之间的 gap 缩短一些。

About

Claude Code / Codex skill — Nature-family paper writing (NMI / NC / NCS / Nature) for Chinese AI/ML researchers, distilled from 44 OA papers

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