adding newick files of source chronograms to dryad folder

LunaSare · Jul 18, 2022 · e19deff · e19deff
1 parent d09a68b
commit e19deff
Show file tree

Hide file tree

Showing 20 changed files with 35 additions and 0 deletions.
diff --git a/dryad/README.Rmd b/dryad/README.Rmd
@@ -107,6 +107,22 @@ file.copy(from = "../figures/fringillidae-topologies/fringillidae_monophyletic_t
 file.copy(from = "../figures/fringillidae-topologies/fringillidae_paraphyletic_topology.tre",
           to = "../dryad/Sanchez-Reyes_etal_2022_figure_4B_topology_finches_ncbi.tre",
           overwrite = TRUE)
+
+files_in_path <- list.files(path = "../figures/figure-fringillidae/source_chronograms")
+
+# get only newick file names
+newick_files <- files_in_path[grep("[.]tre", files_in_path)]
+
+# order files numerically
+newick_files <- stringr::str_sort(newick_files, numeric = TRUE)
+
+index <- 1
+for (file_name in newick_files) {
+  index <- index + 1
+  file.copy(from = paste0("../figures/figure-fringillidae/source_chronograms/", file_name),
+          to = paste0("../dryad/Sanchez-Reyes_etal_2022_supplementary_figure_S", index, "_source.tre"),
+          overwrite = TRUE)
+}
 ```
 
 # Description of data files

diff --git a/dryad/Sanchez-Reyes_etal_2022_supplementary_figure_S10_source.tre b/dryad/Sanchez-Reyes_etal_2022_supplementary_figure_S10_source.tre
@@ -0,0 +1 @@
+(Peucedramus_taeniatus:26.12805674,(((((Cardinalis_sinuatus:5.964478,Cardinalis_cardinalis:5.964478):6.7777045,(Cyanocompsa_brissonii:12.187693,(Pheucticus_melanocephalus:3.770464,Pheucticus_aureoventris:3.770464):8.417229):0.5544895):2.2289637,(Platyspiza_crassirostris:13.725361,Porphyrospiza_caerulescens:13.725361):1.2457852):1.978814062,(Peucaea_botterii:15.01809735,((Emberiza_flaviventris:11.68301689,(((Emberiza_fucata:4.590081,Schoeniclus_rusticus:4.590081):1.9410305,((Emberiza_pusilla:5.042759,Emberiza_rutila:5.042759):0.921726,(Emberiza_chrysophrys:5.490092,(Schoeniclus_spodocephala:4.662278,Schoeniclus_aureolus:4.662278):0.827814):0.474393):0.5666265):2.615980357,(Schoeniclus_elegans:7.019624,Emberiza_schoeniclus:7.019624):2.127467857):2.535925032):0.8303697968,((Melophus_lathami:6.779049,(Emberiza_melanocephala:4.976151,Emberiza_bruniceps:4.976151):1.802898):4.9682555,(Emberiza_cioides:8.395487,(Emberiza_hortulana:7.09067,(Emberiza_leucocephalos:2.289823,Emberiza_citrinella:2.289823):4.800847):1.304817):3.3518175):0.7660821857):2.504710667):1.931862909):3.248357236,((Fringilla_montifringilla:7.555301,Fringilla_coelebs:7.555301):10.25224331,((Coccothraustes_coccothraustes:10.546601,(Eophona_personata:3.29308,Eophona_migratoria:3.29308):7.253521):4.764756385,((Haemorhous_mexicanus:11.686047,(Chloris_sinica:8.473842,((Acanthis_flammea:4.76491,Loxia_curvirostra:4.76491):2.345263,((Spinus_spinus:4.296131,Spinus_psaltria:4.296131):1.790066,(Serinus_canaria:5.0821,Carduelis_carduelis:5.0821):1.004097):1.023976):1.363669):3.212205):1.3091897,((Carpodacus_erythrinus:9.888871,Carpodacus_roseus:9.888871):2.4077635,(Pyrrhula_pyrrhula:11.272659,(Bucanetes_githagineus:5.465666,Eremopsaltria_mongolica:5.465666):5.806993):1.0239755):0.6986022):2.316120685):2.496186928):2.390773185):5.929739246);
diff --git a/dryad/Sanchez-Reyes_etal_2022_supplementary_figure_S11_source.tre b/dryad/Sanchez-Reyes_etal_2022_supplementary_figure_S11_source.tre
@@ -0,0 +1 @@
+(Urocynchramus_pylzowi:43.05875632,(Peucedramus_taeniatus:33.01623532,((((Calcarius_pictus:4.680924,Calcarius_ornatus:4.680924):12.63617375,(Calcarius_mccownii:14.19046567,(Calcarius_lapponicus:10.8907835,(Plectrophenax_nivalis:0.694793,Plectrophenax_hyperboreus:0.694793):10.1959905):3.299682167):3.126632083):4.205772851,(((((Tersina_viridis:7.5082385,(Cyanerpes_cyaneus:5.831724,(Cyanerpes_caeruleus:3.912249,(Cyanerpes_lucidus:3.42747,Cyanerpes_nitidus:3.42747):0.484779):1.919475):1.6765145):2.876531767,((Hemispingus_rufosuperciliaris:7.143320167,((Hemispingus_verticalis:2.661127,Hemispingus_xanthophthalmus:2.661127):4.0215692,(((Hemispingus_atropileus:0.152605,Hemispingus_auricularis:0.152605):3.656657,(Hemispingus_parodii:0.168066,Hemispingus_calophrys:0.168066):3.641196):2.8334815,((Hemispingus_superciliaris:5.380923,(Hemispingus_piurae:3.41847,(Hemispingus_frontalis:2.30949,Hemispingus_melanotis:2.30949):1.10898):1.962453):0.73143,(Hemispingus_trifasciatus:5.583359,Donacospiza_albifrons:5.583359):0.528994):0.5303905):0.0399527):0.4606239667):2.592414237,(Embernagra_platensis:9.1771275,Porphyrospiza_caerulescens:9.1771275):0.5586069038):0.6490358628):3.086651967,((Parkerthraustes_humeralis:11.94995125,(Melopyrrha_nigra:5.9827515,Platyspiza_crassirostris:5.9827515):5.96719975):1.086565917,(Rowettia_goughensis:12.395335,(Chlorophonia_occipitalis:1.912046,Chlorophonia_flavirostris:1.912046):10.483289):0.6411821667):0.4349050667):2.466963129,(((Cardinalis_sinuatus:5.355229,(Cardinalis_phoeniceus:3.011593,Cardinalis_cardinalis:3.011593):2.343636):6.309207,((Caryothraustes_poliogaster:3.356493,Caryothraustes_canadensis:3.356493):6.06417,(Rhodothraupis_celaeno:7.00534,Periporphyrus_erythromelas:7.00534):2.415323):2.243773):2.922824067,((Pheucticus_aureoventris:3.532314,(Pheucticus_melanocephalus:2.829478,Pheucticus_ludovicianus:2.829478):0.702836):10.17003371,(Spiza_americana:10.32690323,((Passerina_cyanea:6.644233583,((Passerina_amoena:3.686549,Passerina_caerulea:3.686549):2.417422125,(Passerina_rositae:5.4302325,(Passerina_leclancherii:4.645712,(Passerina_versicolor:2.000071,Passerina_ciris:2.000071):2.645641):0.7845205):0.673738625):0.5402624583):2.540888935,(Cyanocompsa_parellina:8.5555835,(Cyanoloxia_cyanoides:5.585161,(Cyanocompsa_brissonii:3.208923,Cyanoloxia_glaucocaerulea:3.208923):2.376238):2.9704225):0.6295390179):1.141780709):3.375444481):0.8849123583):1.351125295):3.363591197,(Phaeothlypis_fulvicauda:16.16944685,((Buarremon_torquatus:10.994438,(Peucaea_botterii:5.231672,Peucaea_aestivalis:5.231672):5.762766):1.385719294,(((Emberiza_capensis:5.44453675,(Fringillaria_impetuani:4.5977945,Fringillaria_tahapisi:4.5977945):0.84674225):2.772973083,(Emberiza_flaviventris:5.856018,Emberiza_cabanisi:5.856018):2.361491833):3.181133256,(((Schoeniclus_siemsseni:6.543163,Schoeniclus_elegans:6.543163):2.0223805,((Schoeniclus_yessoensis:6.567758,(Emberiza_pallasi:3.85254,Emberiza_schoeniclus:3.85254):2.715218):1.013856,(Emberiza_fucata:6.602213,(Schoeniclus_rusticus:5.847006,((Emberiza_chrysophrys:3.4096585,(Emberiza_variabilis:2.227873,Emberiza_tristrami:2.227873):1.1817855):1.482631633,(Emberiza_pusilla:4.34522675,(Emberiza_sulphurata:4.091692667,(Emberiza_rutila:3.8623875,(Schoeniclus_spodocephala:3.453753,Schoeniclus_aureolus:3.453753):0.4086345):0.2293051667):0.2535340833):0.5470633833):0.9547158667):0.755207):0.979401):0.9839295):2.082249888,((Melophus_lathami:5.909405,(Emberiza_melanocephala:3.683613,Emberiza_bruniceps:3.683613):2.225792):4.223596773,((Emberiza_jankowskii:4.2081215,(Emberiza_cia:1.795258,(Emberiza_godlewskii:1.431403,Emberiza_cioides:1.431403):0.363855):2.4128635):3.207523089,((Emberiza_buchanani:5.072438,(Emberiza_caesia:2.032884,Emberiza_hortulana:2.032884):3.039554):1.5008325,(Emberiza_cirlus:5.114123,(Emberiza_stewarti:3.270562,(Emberiza_leucocephalos:0.281403,Emberiza_citrinella:0.281403):2.989159):1.843561):1.4591475):0.8423740893):2.717357183):0.5147916154):0.7508497016):0.9815142045):3.789289557):3.132529707):2.220894042):2.962479028,((Fringilla_montifringilla:7.0415,(Fringilla_coelebs:4.498092,Fringilla_teydea:4.498092):2.543408):16.18663785,(((Euphonia_cyanocephala:3.427397,Euphonia_musica:3.427397):8.905625,((Euphonia_pectoralis:8.094459,(Euphonia_affinis:6.343769,(Euphonia_finschi:4.08624,Euphonia_chlorotica:4.08624):2.257529):1.75069):2.326215,((Euphonia_fulvicrissa:2.385844,Euphonia_gouldi:2.385844):6.248068,(Euphonia_laniirostris:4.991325,Euphonia_hirundinacea:4.991325):3.642587):1.786762):1.912348):8.936755391,(((Hesperiphona_vespertina:9.388839,Coccothraustes_coccothraustes:9.388839):4.5660775,((Eophona_migratoria:3.765601,Eophona_personata:3.765601):8.406882,(Mycerobas_affinis:10.421792,Mycerobas_carnipes:10.421792):1.750691):1.7824335):4.149665229,(((Rhodospiza_obsoleta:9.7376363,(((Acanthis_hornemanni:0.530384,Acanthis_flammea:0.530384):4.7577595,(Loxia_leucoptera:1.559904,(Loxia_scotica:0.538715,(Loxia_curvirostra:0.350762,Loxia_pytyopsittacus:0.350762):0.187953):1.021189):3.7282395):2.821647127,(((Carduelis_carduelis:5.193009,Carduelis_citrinella:5.193009):1.745561842,(Serinus_thibetanus:6.327760833,(((Spinus_tristis:3.675903,(Spinus_lawrencei:1.737271,Spinus_psaltria:1.737271):1.938632):1.036174,(Spinus_spinus:3.714165437,(Spinus_notatus:2.420170357,(Spinus_cucullatus:1.444724833,(Spinus_barbatus:1.2321598,(Spinus_crassirostris:0.93538675,(Spinus_atratus:0.8131723333,(Spinus_olivaceus:0.7499775,(Spinus_xanthogastrus:0.66602,Spinus_magellanicus:0.66602):0.0839575):0.06319483333):0.1222144167):0.29677305):0.2125650333):0.9754455238):1.29399508):0.9979115625):1.39077075,((Serinus_pusillus:2.977721,(Serinus_alario:2.279134,(Serinus_canicollis:1.424265,Serinus_flavivertex:1.424265):0.854869):0.698587):2.097316,(Serinus_serinus:4.4733,Serinus_canaria:4.4733):0.601737):1.02781075):0.2249130833):0.6108100088):0.9391097073,(((Serinus_scotops:3.191368,Serinus_hypostictus:3.191368):2.6022095,(Serinus_dorsostriatus:3.984714,(Serinus_citrinipectus:3.001616,(Serinus_atrogularis:2.478915,Serinus_leucopygius:2.478915):0.522701):0.983098):1.8088635):1.620032881,(Linurgus_olivaceus:6.84621425,((Serinus_gularis:4.734364,(Serinus_albogularis:1.78815,Serinus_reichardi:1.78815):2.946214):1.7865755,(Serinus_totta:5.122948,(Serinus_striolatus:2.057081,Serinus_whytii:2.057081):3.065867):1.3979915):0.32527475):0.567396131):0.4640701685):0.232110078):1.627845673):4.329965493,((Haemorhous_purpureus:3.549308,Haemorhous_cassinii:3.549308):8.19325,(Carpodacus_erythrinus:7.263877,Haemorhous_mexicanus:7.263877):4.478681):2.325043793):1.715744006,(((((Loxioides_bailleui:3.992643,(Telespiza_cantans:1.295113,Telespiza_ultima:1.295113):2.69753):1.377470136,(((Loxops_mana:2.549268,(Loxops_caeruleirostris:1.441125,Loxops_coccineus:1.441125):1.108143):1.4140205,((Hemignathus_kauaiensis:1.48983,Hemignathus_virens:1.48983):2.184026,(Vestiaria_coccinea:2.384398,(Himatione_sanguinea:1.869405,Palmeria_dolei:1.869405):0.514993):1.289458):0.2894325):0.6584126875,(Hemignathus_munroi:4.194688,(Pseudonestor_xanthophrys:3.360131,Hemignathus_parvus:3.360131):0.834557):0.4270131875):0.7484119489):1.776402971,(Oreomystis_bairdi:5.419545,Paroreomyza_montana:5.419545):1.726971107):6.302427237,((Haematospiza_sipahi:3.260844,Carpodacus_vinaceus:3.260844):8.160921312,(Carpodacus_rubicilla:9.393549357,((Carpodacus_rubicilloides:6.793495,(Uragus_sibiricus:2.28103,Carpodacus_rodopeplus:2.28103):4.512465):1.31949875,(Carpodacus_pulcherrimus:6.872639667,(Carpodacus_roseus:6.3138615,(Carpodacus_trifasciatus:5.073984,Carpodacus_thura:5.073984):1.2398775):0.5587781667):1.240354083):1.280555607):2.028215955):2.027178031):1.29228351,((Pinicola_enucleator:10.5545999,(Pyrrhula_nipalensis:6.313200875,(Pyrrhoplectes_epauletta:5.4157455,(Pyrrhula_pyrrhula:3.393356,(Pyrrhula_erythrocephala:1.399055,Pyrrhula_erythaca:1.399055):1.994301):2.0223895):0.897455375):4.241399025):3.234181406,((Eremopsaltria_mongolica:5.762482,Bucanetes_githagineus:5.762482):6.692071857,((Leucosticte_brandti:2.310607,(Leucosticte_arctoa:1.406237,(Leucosticte_tephrocotis:0.187705,(Leucosticte_australis:0.11761,Leucosticte_atrata:0.11761):0.070095):1.218532):0.90437):4.7089955,(Carpodacus_nipalensis:2.543501,Leucosticte_nemoricola:2.543501):4.4761015):5.434951357):1.334227448):0.9524455483):1.042118945):2.32123593):3.165195663):1.958360462):1.257211776):8.530885688):10.042521);
diff --git a/dryad/Sanchez-Reyes_etal_2022_supplementary_figure_S12_source.tre b/dryad/Sanchez-Reyes_etal_2022_supplementary_figure_S12_source.tre
@@ -0,0 +1 @@
+(Urocynchramus_pylzowi:42.30681859,(Peucedramus_taeniatus:33.45986309,((((Calcarius_pictus:4.983039,Calcarius_ornatus:4.983039):13.45173488,(Calcarius_mccownii:15.10634383,(Calcarius_lapponicus:11.5936945,(Plectrophenax_nivalis:0.739637,Plectrophenax_hyperboreus:0.739637):10.8540575):3.512649333):3.328430042):4.477221443,((Phaeothlypis_fulvicauda:18.98424341,((Buarremon_torquatus:10.6757405,(Peucaea_botterii:5.080021,Peucaea_aestivalis:5.080021):5.5957195):1.345551549,(((Emberiza_capensis:5.286715,(Fringillaria_impetuani:4.464517,Fringillaria_tahapisi:4.464517):0.822198):2.692592,(Emberiza_flaviventris:5.686268,Emberiza_cabanisi:5.686268):2.293039):3.088921862,(((Schoeniclus_siemsseni:6.353495,Schoeniclus_elegans:6.353495):1.963757769,((Schoeniclus_yessoensis:6.3773775,(Emberiza_pallasi:3.740866,Emberiza_schoeniclus:3.740866):2.6365115):0.9844670833,(Emberiza_fucata:6.410833722,(Schoeniclus_rusticus:5.677517687,((Emberiza_chrysophrys:3.310822,(Emberiza_variabilis:2.163293,Emberiza_tristrami:2.163293):1.147529):1.4396545,(Emberiza_pusilla:4.219271,(Emberiza_sulphurata:3.973086,(Emberiza_rutila:3.750428,(Schoeniclus_spodocephala:3.353639,Schoeniclus_aureolus:3.353639):0.396789):0.222658):0.246185):0.5312055):0.9270411875):0.7333160347):0.9510108611):0.9554081859):2.021891959,((Melophus_lathami:5.738108,(Emberiza_melanocephala:3.576835,Emberiza_bruniceps:3.576835):2.161273):4.101166909,((Emberiza_jankowskii:4.086140333,(Emberiza_cia:1.7432185,(Emberiza_godlewskii:1.389911,Emberiza_cioides:1.389911):0.3533075):2.342921833):3.114546631,((Emberiza_buchanani:4.9254025,(Emberiza_caesia:1.973957,Emberiza_hortulana:1.973957):2.9514455):1.457327958,(Emberiza_cirlus:4.9658795,(Emberiza_stewarti:3.175758,(Emberiza_leucocephalos:0.273246,Emberiza_citrinella:0.273246):2.902512):1.7901215):1.416850958):0.817956506):2.638587945):0.4998698195):0.7290841335):0.953063187):6.962951356):2.529844297,((((Tersina_viridis:8.394427375,(Cyanerpes_cyaneus:6.520036833,(Cyanerpes_caeruleus:4.3740075,(Cyanerpes_lucidus:3.832011,Cyanerpes_nitidus:3.832011):0.5419965):2.146029333):1.874390542):3.216046325,((Hemispingus_rufosuperciliaris:7.986438917,((Hemispingus_verticalis:2.975217,Hemispingus_xanthophthalmus:2.975217):4.4962309,(((Hemispingus_atropileus:0.170617,Hemispingus_auricularis:0.170617):4.0882475,(Hemispingus_parodii:0.187902,Hemispingus_calophrys:0.187902):4.0709625):3.16791525,((Hemispingus_superciliaris:6.0160275,(Hemispingus_piurae:3.821949,(Hemispingus_frontalis:2.582077,Hemispingus_melanotis:2.582077):1.239872):2.1940785):0.817760625,(Hemispingus_trifasciatus:6.2423575,Donacospiza_albifrons:6.2423575):0.591430625):0.592991625):0.04466815):0.5149910167):2.898393756,(Embernagra_platensis:10.2602935,Porphyrospiza_caerulescens:10.2602935):0.6245391731):0.7256410269):1.958560842,((Parkerthraustes_humeralis:12.036538,(Melopyrrha_nigra:6.0261,Platyspiza_crassirostris:6.0261):6.010438):1.094439333,(Rowettia_goughensis:12.48515,(Chlorophonia_occipitalis:1.9259,Chlorophonia_flavirostris:1.9259):10.55925):0.6458273333):0.4380572083):6.139550054,(((Cardinalis_sinuatus:6.622,(Cardinalis_phoeniceus:3.72398,Cardinalis_cardinalis:3.72398):2.89802):7.80164,((Caryothraustes_poliogaster:4.150466,Caryothraustes_canadensis:4.150466):7.49864,(Rhodothraupis_celaeno:8.662442,Periporphyrus_erythromelas:8.662442):2.986664):2.774534):3.614213,((Pheucticus_aureoventris:4.367877,(Pheucticus_melanocephalus:3.498787,Pheucticus_ludovicianus:3.498787):0.86909):12.57573862,(Spiza_americana:12.76971514,((Passerina_cyanea:8.21591625,((Passerina_amoena:4.558597,Passerina_caerulea:4.558597):2.989259375,(Passerina_rositae:6.7147455,(Passerina_leclancherii:5.744648,(Passerina_versicolor:2.473185,Passerina_ciris:2.473185):3.271463):0.9700975):0.833110875):0.668059875):3.141931964,(Cyanocompsa_parellina:10.579392,(Cyanoloxia_cyanoides:6.906321,(Cyanocompsa_brissonii:3.967988,Cyanoloxia_glaucocaerulea:3.967988):2.938333):3.673071):0.7784562143):1.411866922):4.173900489):1.094237375):1.670731596):1.805503106):1.397907616):3.097459895,((Fringilla_montifringilla:7.479802,(Fringilla_coelebs:4.778078,Fringilla_teydea:4.778078):2.701724):17.19418484,(((Euphonia_cyanocephala:3.640738,Euphonia_musica:3.640738):9.45996125,((Euphonia_pectoralis:8.598303333,(Euphonia_affinis:6.7386405,(Euphonia_finschi:4.340591,Euphonia_chlorotica:4.340591):2.3980495):1.859662833):2.471012167,((Euphonia_fulvicrissa:2.534352,Euphonia_gouldi:2.534352):6.6369835,(Euphonia_laniirostris:5.302013,Euphonia_hirundinacea:5.302013):3.8693225):1.89798):2.03138375):9.493027749,(((Hesperiphona_vespertina:9.973253,Coccothraustes_coccothraustes:9.973253):4.850295,((Eophona_migratoria:3.999993,Eophona_personata:3.999993):8.930173,(Mycerobas_affinis:11.070503,Mycerobas_carnipes:11.070503):1.859663):1.893382):4.407963785,(((Rhodospiza_obsoleta:10.34376144,(((Acanthis_hornemanni:0.563398,Acanthis_flammea:0.563398):5.053908875,(Loxia_leucoptera:1.657000833,(Loxia_scotica:0.5722475,(Loxia_curvirostra:0.372596,Loxia_pytyopsittacus:0.372596):0.1996515):1.084753333):3.960306042):2.997282571,(((Carduelis_carduelis:5.516251,Carduelis_citrinella:5.516251):1.854215342,(Serinus_thibetanus:6.721636361,(((Spinus_tristis:3.904712,(Spinus_lawrencei:1.845408,Spinus_psaltria:1.845408):2.059304):1.100672333,(Spinus_spinus:3.945356937,(Spinus_notatus:2.5708165,(Spinus_cucullatus:1.534653583,(Spinus_barbatus:1.3088571,(Spinus_crassirostris:0.993611125,(Spinus_atratus:0.8637891667,(Spinus_olivaceus:0.79666025,(Spinus_xanthogastrus:0.7074765,Spinus_magellanicus:0.7074765):0.08918375):0.06712891667):0.1298219583):0.315245975):0.2257964833):1.036162917):1.374540437):1.060027396):1.47734,((Serinus_pusillus:3.163071167,(Serinus_alario:2.4210005,(Serinus_canicollis:1.512919,Serinus_flavivertex:1.512919):0.9080815):0.7420706667):2.227864958,(Serinus_serinus:4.751743,Serinus_canaria:4.751743):0.639193125):1.091788208):0.2389120278):0.648829981):0.9975655443,(((Serinus_scotops:3.3900165,Serinus_hypostictus:3.3900165):2.76418575,(Serinus_dorsostriatus:4.232745,(Serinus_citrinipectus:3.188453,(Serinus_atrogularis:2.633217,Serinus_leucopygius:2.633217):0.555236):1.044292):1.92145725):1.720872905,(Linurgus_olivaceus:7.272361083,((Serinus_gularis:5.0290575,(Serinus_albogularis:1.899454,Serinus_reichardi:1.899454):3.1296035):1.897781667,(Serinus_totta:5.441829,(Serinus_striolatus:2.185125,Serinus_whytii:2.185125):3.256704):1.485010167):0.3455219167):0.6027140714):0.4929567317):0.2465575596):1.729171991):4.599487239,((Haemorhous_purpureus:3.770237,Haemorhous_cassinii:3.770237):8.7032435,(Carpodacus_erythrinus:7.716022,Haemorhous_mexicanus:7.716022):4.7574585):2.469768177):1.822540881,(((((Loxioides_bailleui:4.241168,(Telespiza_cantans:1.375728,Telespiza_ultima:1.375728):2.86544):1.463211727,(((Loxops_mana:2.707948,(Loxops_caeruleirostris:1.530828,Loxops_coccineus:1.530828):1.17712):1.5020375,((Hemignathus_kauaiensis:1.582566,Hemignathus_virens:1.582566):2.319972,(Vestiaria_coccinea:2.532816,(Himatione_sanguinea:1.985767,Palmeria_dolei:1.985767):0.547049):1.369722):0.3074475):0.6993968125,(Hemignathus_munroi:4.455789,(Pseudonestor_xanthophrys:3.569284,Hemignathus_parvus:3.569284):0.886505):0.4535933125):0.7949974148):1.886975558,(Oreomystis_bairdi:5.756887,Paroreomyza_montana:5.756887):1.834468286):6.694725264,((Haematospiza_sipahi:3.463817,Carpodacus_vinaceus:3.463817):8.668902375,(Carpodacus_rubicilla:9.978256857,((Carpodacus_rubicilloides:7.21636,(Uragus_sibiricus:2.423014,Carpodacus_rodopeplus:2.423014):4.793346):1.40163175,(Carpodacus_pulcherrimus:7.300431667,(Carpodacus_roseus:6.7068715,(Carpodacus_trifasciatus:5.389817,Carpodacus_thura:5.389817):1.3170545):0.5935601667):1.317560083):1.360265107):2.154462518):2.153361175):1.372722653,((Pinicola_enucleator:11.211578,(Pyrrhula_nipalensis:6.70617,(Pyrrhoplectes_epauletta:5.752852,(Pyrrhula_pyrrhula:3.604577,(Pyrrhula_erythrocephala:1.48614,Pyrrhula_erythaca:1.48614):2.118437):2.148275):0.953318):4.505408):3.435494889,((Eremopsaltria_mongolica:6.121171,Bucanetes_githagineus:6.121171):7.1086235,((Leucosticte_brandti:2.454432,(Leucosticte_arctoa:1.493769,(Leucosticte_tephrocotis:0.199389,(Leucosticte_australis:0.124931,Leucosticte_atrata:0.124931):0.074458):1.29438):0.960663):5.00211,(Carpodacus_nipalensis:2.701823,Leucosticte_nemoricola:2.701823):4.754719):5.7732525):1.417278389):1.011730314):1.106986355):2.465722227):3.362215214):2.080259839):1.335468374):7.450407876):8.8469555);
diff --git a/dryad/Sanchez-Reyes_etal_2022_supplementary_figure_S13_source.tre b/dryad/Sanchez-Reyes_etal_2022_supplementary_figure_S13_source.tre
@@ -0,0 +1 @@
+((Fringilla_montifringilla:3.303459406,Fringilla_coelebs:3.303459406):7.392340422,(Platyspiza_crassirostris:8.267457008,Cardinalis_cardinalis:8.267457008):2.428342819);
diff --git a/dryad/Sanchez-Reyes_etal_2022_supplementary_figure_S14_source.tre b/dryad/Sanchez-Reyes_etal_2022_supplementary_figure_S14_source.tre
@@ -0,0 +1 @@
+((Fringilla_montifringilla:3.307173014,Fringilla_coelebs:3.307173014):7.399868727,(Platyspiza_crassirostris:8.277352333,Cardinalis_cardinalis:8.277352333):2.429689407);
diff --git a/dryad/Sanchez-Reyes_etal_2022_supplementary_figure_S15_source.tre b/dryad/Sanchez-Reyes_etal_2022_supplementary_figure_S15_source.tre
@@ -0,0 +1 @@
+(Peucedramus_taeniatus:22.4922461,(Urocynchramus_pylzowi:21.7398085,(Fringilla_montifringilla:17.110396,(Cardinalis_cardinalis:15.126634,(Emberiza_citrinella:14.089317,Calcarius_lapponicus:14.089317):1.037317):1.983762):4.6294125):0.7524376);
diff --git a/dryad/Sanchez-Reyes_etal_2022_supplementary_figure_S16_source.tre b/dryad/Sanchez-Reyes_etal_2022_supplementary_figure_S16_source.tre
@@ -0,0 +1 @@
+(Fringilla_montifringilla:20.43652851,Emberiza_fucata:20.43652851);