Onderzoekstechnieken

Deze repository wordt niet meer onderhouden, aangezien dit vak niet meer in deze vorm bestaat binnen de opleiding.

Cursusmateriaal Onderzoekstechnieken HOGENT toegepaste informatica.

Installatie software

Voor de cursus onderzoekstechnieken maak je gebruik van verschillende softwarepakketten. Hier vind je wat uitleg over de installatie en hoe je er mee aan de slag kan. Heb je ondanks deze richtlijnen toch problemen? Tijdens de oefeningensessies kan je hulp vragen aan je lector. Als die je niet meteen kan verder helpen, kan je ook contact opnemen met Bert Van Vreckem.

Windows

Installeer eerst de Chocolatey package manager als Administrator in een PowerShell terminal (https://chocolatey.org/). Daarna voer je onderstaande commando's uit, opnieuw als Administrator in een PowerShell terminal.

choco install -y git
choco install -y activeperl
choco install -y miktex
choco install -y texstudio
choco install -y JabRef
choco install -y r.project
choco install -y r.studio

Als alternatief kun je de software ook op de traditionele wijze installeren. Download vanaf de projectwebsites en installeer:

• Git: https://git-scm.com/download/win
• MikTeX: https://miktex.org/download
• TeXStudio: http://www.texstudio.org/
• JabRef: https://www.fosshub.com/JabRef.html
• Ghostwriter: https://wereturtle.github.io/ghostwriter/
• R: https://lib.ugent.be/CRAN/
• Rstudio: https://www.rstudio.com/products/rstudio/download/#download

MacOS X

Traditionele werkwijze

• Git: https://git-scm.com/download/mac
• MacTeX: https://www.tug.org/mactex/mactex-download.html
• TeXStudio: http://www.texstudio.org/
• JabRef: https://www.fosshub.com/JabRef.html
• R: https://lib.ugent.be/CRAN/
• Rstudio: https://www.rstudio.com/products/rstudio/download/#download

Via de homebrew package manager (https://brew.sh/). Let op: werkwijze nog niet getest, feedback welkom!

brew install git
brew install --cask mactex
brew install --cask texstudio
brew install --cask jabref
brew install Caskroom/cask/xquartz
brew install --cask r
brew install rstudio

• R en Rstudio moeten via de downloadpagina geïnstalleerd worden, indien je dit niet gedaan hebt, zullen er geen X11 libraries beschikbaar zijn die worden gebruikt door R.
• Je kan de aanwezigheid van de X11 libraries controleren met het volgende commando in Rstudio:

capabilities()

Het is ook handig om een teksteditor te installeren met ondersteuning voor Markdown (bvb. VS Code, ...)

Linux

Ubuntu/Debian. Controleer eerst de link naar de laatste versie van RStudio via de website

sudo apt update
sudo apt install texlive-latex-base texlive-latex-extra texlive-lang-european texlive-bibtex-extra biber
sudo apt install git texstudio jabref r-base
cd ~/Downloads
wget https://download1.rstudio.org/rstudio-1.1.419-amd64.deb
sudo dpkg -i ./rstudio-1.1.419-amd64.deb

Het is ook handig om een teksteditor te installeren met ondersteuning voor Markdown (bvb. VS Code, ...)

Fedora. Controleer eerst de link naar de laatste versie van RStudio via de website

sudo dnf install git texstudio texlive-collection-latex texlive-babel-dutch jabref
sudo dnf install retext
sudo dnf install R https://download1.rstudio.org/rstudio-1.1.419-x86_64.rpm

Instellingen

Git, Github

Wellicht heb je Git al geconfigureerd voor enkele van je andere vakken. Kijk eventueel alles nog eens na! Als alles ok is, kan je deze sectie overslaan.

Wij raden aan om Git via de command line te gebruiken. Zo krijg je het beste inzicht in de werking. Het commando git status geeft op elk moment een goed overzicht van de toestand van je lokale repository en geeft aan met welk commando je een stap verder kan zetten of de laatste stap ongedaan maken.

Eerst enkele tips:

• Als je nog geen gebruikersnaam hebt, kies er dan één die je na je afstuderen nog kan gebruiken (dus bv. niet je HoGent login). De kans is erg groot dat je tijdens je carrière nog van Github gebruik zult maken.
• Koppel je HoGent-emailadres aan je Github account (je kan meerdere adressen registreren). Op die manier kan je aanspraak maken op het Github student developer pack, wat je gratis toegang geeft tot een aantal in principe betalende producten en diensten.

Windows-gebruikers voeren volgende instructies uit via Git Bash,
MacOS X- en Linux-gebruikers via de standaard (Bash) terminal.

git config --global user.name "Pieter Stevens"
git config --global user.email [email protected]
git config --global push.default simple

Maak ook een SSH-sleutel aan om het synchroniseren met Github te vereenvoudigen (je moet dan geen wachtwoord meer opgeven bij push/pull van/naar een private repository).

ssh-keygen

Volg de instructies op de command-line, druk gewoon ENTER als je gevraagd wordt een wachtwoordzin (pass phrase) in te vullen. In de home-directory van je gebruiker (bv. c:\Users\Bert op Windows, /Users/bert op Mac, /home/bert op Linux) is nu een directory met de naam .ssh/ aangemaakt met twee bestanden: id_rsa (je private key) en id_rsa.pub (je public key). Open dit laatste bestand met een teksteditor en kopieer de volledige inhoud naar het klembord. Ga vervolgens naar je Github profiel en kies links voor SSH and GPG keys. Klik rechtsboven op de groene knop met "New SSH Key" en plak de inhoud van je publieke sleutel in het veld "Key". Bevestig je keuze.

Test nu of je de code van de cursus Onderzoekstechnieken kan downloaden. Ga in de Bash shell naar een directory waar je dit project lokaal wil bijhouden en voer uit:

git clone [email protected]:HoGentTIN/onderzoekstechnieken-cursus.git

Als dit lukt, is er nu een directory aangemaakt met dezelfde naam als de repository, onderzoekstechnieken-cursus/. Doe tijdens het semester regelmatig git pull om de laatste wijzigingen in het cursusmateriaal bij te werken. Pas zelf geen bestanden aan binnen dit project, dit zal leiden tot conflicten.

TeXStudio configureren

Controleer deze instellingen via menu-item Options > Configure TeXstudio

• Build:
  • Default Compiler: XeLaTeX
  • Default Bibliography tool: biber
• Commands:
  • XeLaTeX: xelatex -synctex=1 -interaction=nonstopmode -shell-escape %.tex (voeg de optie -shell-escape toe)
• Editor:
  • Indentation mode: Indent and Unindent Automatically
  • Replace Indentation Tab by Spaces: Aanvinken
  • Replace Tab in Text by spaces: Aanvinken
  • Replace Double Quotes: English Quotes: ``''

Om te testen of TeXStudio goed werkt, kan je het bestand cursus/cursus-onderzoekstechnieken.tex openen. Kies Tools > Build & View om de cursus te compileren in een PDF-bestand.

Veel functionaliteiten van LaTeX zitten in aparte packages die niet noodzakelijk standaard geïnstalleerd zijn. De eerste keer dat je een bestand compileert, is het dan ook mogelijk dat er extra packages moeten gedownload worden. MiKTeX zal een pop-up tonen om je toestemming te vragen, bevestig dit. De eerste keer compileren kan enkele minuten duren zonder dat je feedback krijgt over wat er gebeurt. Even geduld, dus.

Indien er zich fouten voordoen bij de compilatie, kan je onderaan in het tabblad Log een overzicht krijgen van de foutboodschappen. Wanneer je bij je lector hulp vraagt, is het belangrijk om de exacte foutboodschap mee te geven. Dat kan het makkelijkst door het tabblad Logbestand te selecteren en de gehele inhoud te kopiëren.

JabRef

JabRef is een GUI voor het bewerken van BibTeX-bestanden, een soort database van bronnen uit de wetenschappelijke of vakliteratuur voor een LaTeX-document.

van de bibliografische databank compatibel met dat van de cursus en het aangeboden LaTeX-sjabloon voor de bachelorproef

• Kies in het menu voor Options > Preferences > General en kies onderaan voor de optie "Default bibliography mode" voor "biblatex". Dit maakt de bestandsindeling van de bibliografische databank compatibel met dat van de cursus en het aangeboden LaTeX-sjabloon voor de bachelorproef.
• Kies in het Preferences-venster voor de categorie File en geef een directory op voor het bijhouden van PDFs van de gevonden bronnen onder Main file directory. Het is heel interessant om de gevonden artikels te downloaden en onder die directory bij te houden. Nog beter is om als naam van het bestand de BibTeX key te nemen (typisch naam van de eerste auteur + jaartal, bv. Knuth1998.pdf). Je kan het bestand dan makkelijk openen vanuit Jabref.

Interessante artikels

• R Tutorial
• Praktische Gids Bachelorproef (work in progress, door Bert Van Vreckem)
• Joint Committee on Standards for Graphic Presentation
• Spurious correlations
• Simpson's paradox
• Twenty Statistical Errors Even YOU Can Find in Biomedical Research Articles
• Anscombe's Quartet: vier verschillende datasets met identieke statistische eigenschappen. Toont het belang aan van data-visualisatie.