GWAS_automatic_analysis

Author: Hammerklavier

介绍 -- Introduction

自动化进行GWAS分析的脚本。

Script which is expected to perform GWAS wholly automatically.

运行环境 -- Environment

• Python 3.8+
• numpy, pandas, scipy, matplotlib, seaborn, openpyxl

环境配置 -- Environment Configuration

需要自行下载 plink，建议使用 v1.9 版本。

可以使用 setup.bash 脚本实现一键部署。该脚本会检查你的 python 版本（>= 3.8），生成一个名为 .venv 的虚拟环境，并安装必要的库。

You need to download plink executable yourself. v1.9 is recommended.

You can deploy the environment simply by running ./setup.bash. It will check your python version (>= 3.8), generate a virtual environment named .venv and install necessary libraries.

运行 -- Run

python3 main.py --your-parameter

参数说明 -- Parameter

通过 python3 main.py -h 查看。

Usage to be seen by running python3 main.py -h.

功能测试 -- Test

所有的测试代码以及文件都在 ./testsuite 中, 包括测试脚本（单元测试和全流程测试），测试用文件和测试结果的预期 SHA256 值。

测试将在 ./test/ 中运行，运行结束后会自动删除其中的文件。

异常退出序号 -- Exit Code

-3: 意料之外的错误。

-3: Unexpected error.

-2: 未能成功创建必要的链接。

-2: failed to create necessary links.

-1：程序设计缺陷。

-1: defect in design.

1: 输入文件格式不受支持。

• 注：原始输入文件应以 .vcf, .vcf.gz, .bed 或 .ped 结尾。 · 1: Unsupported input file format.
• P.S. Input file is expected to end with .vcf, .vcf.gz, .bed or .ped.

2: plink 执行失败。

2: plink execution failed.

3: 文件读取失败

3: Failed to read file.

4: 文件内容查找失败

4: Failed to find certain contents of a file.

11: 功能尚未实现

注 -- Post Script

项目尚未完成，请不要使用。

The project is still unfinished and not for use now.

使用方法 -- Usage