tiny molecular dynamics
Proyecto inicial para realizar speed-up de un código de Dinámica Molecular con un potencial interatómico de Lennard-Jones. Inicialmente se dan las posiciones en un cristal FCC y velocidades aleatorias distribuidas uniformemente según la temperatura inicial. Las fuerzas se obtienen de un potencial de LJ (12-6) y la evolución temporal viene dada por el algoritmo Velocity Verlet. Se consideran condiciones periódicas de contorno para reproducir un sistema infinito. La temperatura es controlada a través de un reescaleo en las velocidades. Cada cierta cantidad de pasos de dinámica molecular se cambia la densidad del sistema y se reescalean las posiciones para obtener la ecuación de estado. Para más información se puede ver doc/informe.pdf.
Para compilar es necesario tener instalado gcc y OpenGL.
Para compilar se utiliza Makefile:
make clean
makedonde make clean elimina los objetos compilados anteriormente y make compila dos ejecutables: tiny_md y viz, ambos realizan la misma simulación pero el segundo posee una visualización en tiempo real.
Nota:
Si se desean cambiar parámetros de entrada de la simulación, puede modificarse el archivo
parameters.ho pasar los valores deseados como parámetros al preprocesador C; por ejemplo,make CPPFLAGS="-DN=1372"cambia la cantidad de partículas que se simulan.
Por errores, preguntas o sugerencias contactarse con:
- Francisco Fernandez ([email protected])