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src/ontology/foodon-edit.ofn

@@ -16832,7 +16832,7 @@ SubClassOf(obo:FOODON_00003658 obo:FOODON_00001057)
 
 AnnotationAssertion(obo:IAO_0000117 obo:FOODON_00003659 <http://orcid.org/0000-0002-8844-9165>)
 
-# Class: obo:FOODON_00003660 (custard apple)
+# Class: obo:FOODON_00003660 (custard apple fruit)
 
 AnnotationAssertion(obo:IAO_0000117 obo:FOODON_00003660 <http://orcid.org/0000-0002-8844-9165>)
 AnnotationAssertion(dcterms:date obo:FOODON_00003660 "2021-02-11T02:55:52Z"^^xsd:dateTime)
@@ -30339,7 +30339,7 @@ AnnotationAssertion(go:hasSynonym obo:FOODON_03411188 "galipea officinalis"@en)
 AnnotationAssertion(rdfs:label obo:FOODON_03411188 "angostura tree"@en)
 SubClassOf(obo:FOODON_03411188 obo:FOODON_03411179)
 
-# Class: obo:FOODON_03411189 (winter squash plant)
+# Class: obo:FOODON_03411189 (winter squash cultivar)
 
 AnnotationAssertion(obo:IAO_0000114 obo:FOODON_03411189 obo:IAO_0000122)
 AnnotationAssertion(obo:IAO_0000115 obo:FOODON_03411189 "Winter squash is an annual fruit representing several squash species within the genus Cucurbita. It differs from summer squash in that it is harvested and eaten in the mature fruit stage when the seeds within have matured fully and the skin has hardened into a tough rind. At this stage, most varieties of this fruit can be stored for use during the winter."@en)
@@ -30351,11 +30351,11 @@ AnnotationAssertion(go:hasExactSynonym obo:FOODON_03411189 "winter squash"@en)
 AnnotationAssertion(go:hasNarrowSynonym obo:FOODON_03411189 "Cucurbita moschata"@en)
 AnnotationAssertion(go:hasNarrowSynonym obo:FOODON_03411189 "Cucurbita pepo"@en)
 AnnotationAssertion(go:hasNarrowSynonym obo:FOODON_03411189 "cucurbita maxima"@en)
-AnnotationAssertion(rdfs:label obo:FOODON_03411189 "winter squash plant"@en)
+AnnotationAssertion(rdfs:label obo:FOODON_03411189 "winter squash cultivar"@en)
 AnnotationAssertion(rdfs:seeAlso obo:FOODON_03411189 <https://www.strongertogether.coop/food-lifestyle/winter-squash-guide>)
 SubClassOf(obo:FOODON_03411189 obo:FOODON_03411208)
 
-# Class: obo:FOODON_03411190 (summer squash plant)
+# Class: obo:FOODON_03411190 (summer squash cultivar)
 
 AnnotationAssertion(obo:IAO_0000114 obo:FOODON_03411190 obo:IAO_0000428)
 AnnotationAssertion(go:hasDbXref obo:FOODON_03411190 <http://www.ars-grin.gov/cgi-bin/npgs/html/taxon.pl?12606>)
@@ -30365,7 +30365,7 @@ AnnotationAssertion(go:hasNarrowSynonym obo:FOODON_03411190 "Cucurbita pepo L.")
 AnnotationAssertion(go:hasSynonym obo:FOODON_03411190 "cucurbita pepo"@en)
 AnnotationAssertion(go:hasSynonym obo:FOODON_03411190 "yellow crookneck squash"@en)
 AnnotationAssertion(go:hasSynonym obo:FOODON_03411190 "yellow squash"@en)
-AnnotationAssertion(rdfs:label obo:FOODON_03411190 "summer squash plant"@en)
+AnnotationAssertion(rdfs:label obo:FOODON_03411190 "summer squash cultivar"@en)
 SubClassOf(obo:FOODON_03411190 obo:FOODON_03411208)
 
 # Class: obo:FOODON_03411191 (black pepper plant)
@@ -93608,6 +93608,10 @@ SubClassOf(obo:PATO_0000918 obo:PATO_0000117)
 AnnotationAssertion(go:hasDbXref obo:PO_0000003 langual:B1347)
 SubClassOf(obo:PO_0000003 obo:FOODON_03411564)
 
+# Class: obo:PO_0008037 (seedling)
+
+SubClassOf(obo:PO_0008037 obo:PO_0000003)
+
 # Class: obo:PO_0009001 (fruit)
 
 AnnotationAssertion(rdfs:seeAlso obo:PO_0009001 "https://en.wikipedia.org/wiki/Fruit_anatomy"^^xsd:anyURI)

src/ontology/imports/foodon_product_import.ofn

@@ -24847,18 +24847,6 @@ AnnotationAssertion(rdfs:label obo:FOODON_00003031 "savoy cabbage head (raw)"@en
 SubClassOf(obo:FOODON_00003031 obo:FOODON_00003684)
 SubClassOf(obo:FOODON_00003031 obo:FOODON_03301326)
 
-# Class: obo:FOODON_00003032 (custard apple (raw))
-
-AnnotationAssertion(obo:IAO_0000114 obo:FOODON_00003032 obo:IAO_0000122)
-AnnotationAssertion(obo:IAO_0000115 obo:FOODON_00003032 "Custard apple is a common name for a fruit, and the tree which bears it, Annona reticulata."@en)
-AnnotationAssertion(obo:IAO_0000117 obo:FOODON_00003032 <http://orcid.org/0000-0002-8844-9165>)
-AnnotationAssertion(obo:IAO_0000119 obo:FOODON_00003032 wikipedia:Custard_apple)
-AnnotationAssertion(dcterms:date obo:FOODON_00003032 "2019-08-24T05:04:59Z"^^xsd:dateTime)
-AnnotationAssertion(oboInOwl:hasExactSynonym obo:FOODON_00003032 "custard apple"@en)
-AnnotationAssertion(rdfs:label obo:FOODON_00003032 "custard apple (raw)"@en)
-EquivalentClasses(obo:FOODON_00003032 ObjectIntersectionOf(obo:PO_0009001 ObjectSomeValuesFrom(obo:RO_0001000 obo:NCBITaxon_301862)))
-SubClassOf(obo:FOODON_00003032 obo:FOODON_00003660)
-
 # Class: obo:FOODON_00003033 (cherimoya fruit (raw))
 
 AnnotationAssertion(obo:IAO_0000114 obo:FOODON_00003033 obo:IAO_0000122)

src/ontology/imports/ncbitaxon_import.ofn

@@ -10,7 +10,6 @@ Prefix(oboInOwl:=<http://www.geneontology.org/formats/oboInOwl#>)
 
 Ontology(<http://purl.obolibrary.org/obo/foodon/imports/ncbitaxon_import.ofn>
 
-Declaration(Class(obo:FOODON_03411458))
 Declaration(Class(obo:NCBITaxon_1000425))
 Declaration(Class(obo:NCBITaxon_1001333))
 Declaration(Class(obo:NCBITaxon_100186))
@@ -500,6 +499,7 @@ Declaration(Class(obo:NCBITaxon_13426))
 Declaration(Class(obo:NCBITaxon_13427))
 Declaration(Class(obo:NCBITaxon_13428))
 Declaration(Class(obo:NCBITaxon_13432))
+Declaration(Class(obo:NCBITaxon_13442))
 Declaration(Class(obo:NCBITaxon_13443))
 Declaration(Class(obo:NCBITaxon_134471))
 Declaration(Class(obo:NCBITaxon_13450))
@@ -543,6 +543,7 @@ Declaration(Class(obo:NCBITaxon_136217))
 Declaration(Class(obo:NCBITaxon_136225))
 Declaration(Class(obo:NCBITaxon_1365671))
 Declaration(Class(obo:NCBITaxon_13662))
+Declaration(Class(obo:NCBITaxon_136672))
 Declaration(Class(obo:NCBITaxon_136690))
 Declaration(Class(obo:NCBITaxon_1367090))
 Declaration(Class(obo:NCBITaxon_13675))
@@ -1217,6 +1218,7 @@ Declaration(Class(obo:NCBITaxon_196075))
 Declaration(Class(obo:NCBITaxon_1963083))
 Declaration(Class(obo:NCBITaxon_196674))
 Declaration(Class(obo:NCBITaxon_196770))
+Declaration(Class(obo:NCBITaxon_1968271))
 Declaration(Class(obo:NCBITaxon_1968429))
 Declaration(Class(obo:NCBITaxon_197206))
 Declaration(Class(obo:NCBITaxon_197265))
@@ -1237,6 +1239,7 @@ Declaration(Class(obo:NCBITaxon_1983395))
 Declaration(Class(obo:NCBITaxon_198537))
 Declaration(Class(obo:NCBITaxon_1986967))
 Declaration(Class(obo:NCBITaxon_198777))
+Declaration(Class(obo:NCBITaxon_199163))
 Declaration(Class(obo:NCBITaxon_19944))
 Declaration(Class(obo:NCBITaxon_19952))
 Declaration(Class(obo:NCBITaxon_19953))
@@ -1863,6 +1866,7 @@ Declaration(Class(obo:NCBITaxon_2870))
 Declaration(Class(obo:NCBITaxon_28700))
 Declaration(Class(obo:NCBITaxon_28701))
 Declaration(Class(obo:NCBITaxon_28702))
+Declaration(Class(obo:NCBITaxon_2870819))
 Declaration(Class(obo:NCBITaxon_28793))
 Declaration(Class(obo:NCBITaxon_28801))
 Declaration(Class(obo:NCBITaxon_28802))
@@ -3013,6 +3017,7 @@ Declaration(Class(obo:NCBITaxon_41768))
 Declaration(Class(obo:NCBITaxon_41773))
 Declaration(Class(obo:NCBITaxon_417944))
 Declaration(Class(obo:NCBITaxon_4180))
+Declaration(Class(obo:NCBITaxon_4182))
 Declaration(Class(obo:NCBITaxon_418454))
 Declaration(Class(obo:NCBITaxon_41871))
 Declaration(Class(obo:NCBITaxon_419338))
@@ -3415,6 +3420,7 @@ Declaration(Class(obo:NCBITaxon_482947))
 Declaration(Class(obo:NCBITaxon_483417))
 Declaration(Class(obo:NCBITaxon_483424))
 Declaration(Class(obo:NCBITaxon_483748))
+Declaration(Class(obo:NCBITaxon_483749))
 Declaration(Class(obo:NCBITaxon_48399))
 Declaration(Class(obo:NCBITaxon_48415))
 Declaration(Class(obo:NCBITaxon_48416))
@@ -3749,6 +3755,7 @@ Declaration(Class(obo:NCBITaxon_57192))
 Declaration(Class(obo:NCBITaxon_57197))
 Declaration(Class(obo:NCBITaxon_57200))
 Declaration(Class(obo:NCBITaxon_57201))
+Declaration(Class(obo:NCBITaxon_57538))
 Declaration(Class(obo:NCBITaxon_57576))
 Declaration(Class(obo:NCBITaxon_57577))
 Declaration(Class(obo:NCBITaxon_576177))
@@ -5231,7 +5238,7 @@ Declaration(AnnotationProperty(oboInOwl:hasExactSynonym))
 
 AnnotationAssertion(rdfs:label obo:IAO_0000412 "imported from"@en)
 
-# Annotation Property: oboInOwl:hasExactSynonym (has exact synonym)
+# Annotation Property: oboInOwl:hasExactSynonym (has_exact_synonym)
 
 AnnotationAssertion(rdfs:label oboInOwl:hasExactSynonym "has_exact_synonym")
 
@@ -8557,13 +8564,20 @@ AnnotationAssertion(obo:IAO_0000412 obo:NCBITaxon_13432 obo:ncbitaxon.owl)
 AnnotationAssertion(rdfs:label obo:NCBITaxon_13432 "Clerodendrum")
 SubClassOf(obo:NCBITaxon_13432 obo:NCBITaxon_4136)
 
+# Class: obo:NCBITaxon_13442 (Coffea)
+
+AnnotationAssertion(obo:IAO_0000412 obo:NCBITaxon_13442 obo:ncbitaxon.owl)
+AnnotationAssertion(oboInOwl:hasExactSynonym obo:NCBITaxon_13442 "coffee")
+AnnotationAssertion(rdfs:label obo:NCBITaxon_13442 "Coffea")
+SubClassOf(obo:NCBITaxon_13442 obo:NCBITaxon_1968429)
+
 # Class: obo:NCBITaxon_13443 (Coffea arabica)
 
 AnnotationAssertion(obo:IAO_0000412 obo:NCBITaxon_13443 obo:ncbitaxon.owl)
 AnnotationAssertion(oboInOwl:hasExactSynonym obo:NCBITaxon_13443 "arabica coffee")
 AnnotationAssertion(oboInOwl:hasExactSynonym obo:NCBITaxon_13443 "coffee")
 AnnotationAssertion(rdfs:label obo:NCBITaxon_13443 "Coffea arabica")
-SubClassOf(obo:NCBITaxon_13443 obo:NCBITaxon_1968429)
+SubClassOf(obo:NCBITaxon_13443 obo:NCBITaxon_13442)
 
 # Class: obo:NCBITaxon_134471 (Stramonita haemastoma)
 
@@ -8857,6 +8871,12 @@ AnnotationAssertion(oboInOwl:hasExactSynonym obo:NCBITaxon_13662 "oilfish")
 AnnotationAssertion(rdfs:label obo:NCBITaxon_13662 "Ruvettus pretiosus")
 SubClassOf(obo:NCBITaxon_13662 obo:NCBITaxon_27767)
 
+# Class: obo:NCBITaxon_136672 (Alibertia patinoi)
+
+AnnotationAssertion(obo:IAO_0000412 obo:NCBITaxon_136672 obo:ncbitaxon.owl)
+AnnotationAssertion(rdfs:label obo:NCBITaxon_136672 "Alibertia patinoi")
+SubClassOf(obo:NCBITaxon_136672 obo:NCBITaxon_1968271)
+
 # Class: obo:NCBITaxon_136690 (Galatheidae)
 
 AnnotationAssertion(obo:IAO_0000412 obo:NCBITaxon_136690 obo:ncbitaxon.owl)
@@ -11346,7 +11366,7 @@ SubClassOf(obo:NCBITaxon_169618 obo:NCBITaxon_24966)
 
 AnnotationAssertion(obo:IAO_0000412 obo:NCBITaxon_169642 obo:ncbitaxon.owl)
 AnnotationAssertion(rdfs:label obo:NCBITaxon_169642 "Gardenieae")
-SubClassOf(obo:NCBITaxon_169642 obo:NCBITaxon_1968429)
+SubClassOf(obo:NCBITaxon_169642 obo:NCBITaxon_1968271)
 
 # Class: obo:NCBITaxon_169655 (Morindeae)
 
@@ -13398,6 +13418,12 @@ AnnotationAssertion(oboInOwl:hasExactSynonym obo:NCBITaxon_196770 "shorthead red
 AnnotationAssertion(rdfs:label obo:NCBITaxon_196770 "Moxostoma macrolepidotum")
 SubClassOf(obo:NCBITaxon_196770 obo:NCBITaxon_7968)
 
+# Class: obo:NCBITaxon_1968271 (Gardenieae - Pavetteae clade)
+
+AnnotationAssertion(obo:IAO_0000412 obo:NCBITaxon_1968271 obo:ncbitaxon.owl)
+AnnotationAssertion(rdfs:label obo:NCBITaxon_1968271 "Gardenieae - Pavetteae clade")
+SubClassOf(obo:NCBITaxon_1968271 obo:NCBITaxon_1968429)
+
 # Class: obo:NCBITaxon_1968429 (Gardenieae complex)
 
 AnnotationAssertion(obo:IAO_0000412 obo:NCBITaxon_1968429 obo:ncbitaxon.owl)
@@ -13527,6 +13553,13 @@ AnnotationAssertion(oboInOwl:hasExactSynonym obo:NCBITaxon_198777 "mammee-apple"
 AnnotationAssertion(rdfs:label obo:NCBITaxon_198777 "Mammea americana")
 SubClassOf(obo:NCBITaxon_198777 obo:NCBITaxon_180118)
 
+# Class: obo:NCBITaxon_199163 (Inga edulis)
+
+AnnotationAssertion(obo:IAO_0000412 obo:NCBITaxon_199163 obo:ncbitaxon.owl)
+AnnotationAssertion(oboInOwl:hasExactSynonym obo:NCBITaxon_199163 "ice cream bean")
+AnnotationAssertion(rdfs:label obo:NCBITaxon_199163 "Inga edulis")
+SubClassOf(obo:NCBITaxon_199163 obo:NCBITaxon_3807)
+
 # Class: obo:NCBITaxon_19944 (Valerianaceae)
 
 AnnotationAssertion(obo:IAO_0000412 obo:NCBITaxon_19944 obo:ncbitaxon.owl)
@@ -14864,7 +14897,6 @@ AnnotationAssertion(oboInOwl:hasExactSynonym obo:NCBITaxon_223891 "brinjal")
 AnnotationAssertion(oboInOwl:hasExactSynonym obo:NCBITaxon_223891 "eggplant")
 AnnotationAssertion(oboInOwl:hasExactSynonym obo:NCBITaxon_223891 "yellow-fruit nightshade")
 AnnotationAssertion(rdfs:label obo:NCBITaxon_223891 "Solanum virginianum")
-SubClassOf(obo:NCBITaxon_223891 obo:FOODON_03411458)
 SubClassOf(obo:NCBITaxon_223891 obo:NCBITaxon_4107)
 
 # Class: obo:NCBITaxon_224270 (Diplectrum formosum)
@@ -17729,6 +17761,12 @@ AnnotationAssertion(obo:IAO_0000412 obo:NCBITaxon_28702 obo:ncbitaxon.owl)
 AnnotationAssertion(rdfs:label obo:NCBITaxon_28702 "Fratercula corniculata")
 SubClassOf(obo:NCBITaxon_28702 obo:NCBITaxon_28700)
 
+# Class: obo:NCBITaxon_2870819 (Vaccinium caesariense)
+
+AnnotationAssertion(obo:IAO_0000412 obo:NCBITaxon_2870819 obo:ncbitaxon.owl)
+AnnotationAssertion(rdfs:label obo:NCBITaxon_2870819 "Vaccinium caesariense")
+SubClassOf(obo:NCBITaxon_2870819 obo:NCBITaxon_13749)
+
 # Class: obo:NCBITaxon_28793 (Notropis)
 
 AnnotationAssertion(obo:IAO_0000412 obo:NCBITaxon_28793 obo:ncbitaxon.owl)
@@ -25667,6 +25705,17 @@ AnnotationAssertion(oboInOwl:hasExactSynonym obo:NCBITaxon_4180 "sesame family")
 AnnotationAssertion(rdfs:label obo:NCBITaxon_4180 "Pedaliaceae")
 SubClassOf(obo:NCBITaxon_4180 obo:NCBITaxon_4143)
 
+# Class: obo:NCBITaxon_4182 (Sesamum indicum)
+
+AnnotationAssertion(obo:IAO_0000412 obo:NCBITaxon_4182 obo:ncbitaxon.owl)
+AnnotationAssertion(oboInOwl:hasExactSynonym obo:NCBITaxon_4182 "beniseed")
+AnnotationAssertion(oboInOwl:hasExactSynonym obo:NCBITaxon_4182 "gingelly")
+AnnotationAssertion(oboInOwl:hasExactSynonym obo:NCBITaxon_4182 "hu ma")
+AnnotationAssertion(oboInOwl:hasExactSynonym obo:NCBITaxon_4182 "koba")
+AnnotationAssertion(oboInOwl:hasExactSynonym obo:NCBITaxon_4182 "sesame")
+AnnotationAssertion(rdfs:label obo:NCBITaxon_4182 "Sesamum indicum")
+SubClassOf(obo:NCBITaxon_4182 obo:NCBITaxon_4180)
+
 # Class: obo:NCBITaxon_418454 (Protosalanx hyalocranius)
 
 AnnotationAssertion(obo:IAO_0000412 obo:NCBITaxon_418454 obo:ncbitaxon.owl)
@@ -28455,6 +28504,12 @@ AnnotationAssertion(oboInOwl:hasExactSynonym obo:NCBITaxon_483748 "loganberry")
 AnnotationAssertion(rdfs:label obo:NCBITaxon_483748 "Rubus x loganobaccus")
 SubClassOf(obo:NCBITaxon_483748 obo:NCBITaxon_23216)
 
+# Class: obo:NCBITaxon_483749 (Passiflora tarminiana)
+
+AnnotationAssertion(obo:IAO_0000412 obo:NCBITaxon_483749 obo:ncbitaxon.owl)
+AnnotationAssertion(rdfs:label obo:NCBITaxon_483749 "Passiflora tarminiana")
+SubClassOf(obo:NCBITaxon_483749 obo:NCBITaxon_3684)
+
 # Class: obo:NCBITaxon_48399 (Crocodylus acutus)
 
 AnnotationAssertion(obo:IAO_0000412 obo:NCBITaxon_48399 obo:ncbitaxon.owl)
@@ -30692,6 +30747,12 @@ AnnotationAssertion(obo:IAO_0000412 obo:NCBITaxon_57201 obo:ncbitaxon.owl)
 AnnotationAssertion(rdfs:label obo:NCBITaxon_57201 "Cantharellaceae")
 SubClassOf(obo:NCBITaxon_57201 obo:NCBITaxon_36064)
 
+# Class: obo:NCBITaxon_57538 (Vaccinium meridionale)
+
+AnnotationAssertion(obo:IAO_0000412 obo:NCBITaxon_57538 obo:ncbitaxon.owl)
+AnnotationAssertion(rdfs:label obo:NCBITaxon_57538 "Vaccinium meridionale")
+SubClassOf(obo:NCBITaxon_57538 obo:NCBITaxon_13749)
+
 # Class: obo:NCBITaxon_57576 (Hedysarum alpinum)
 
 AnnotationAssertion(obo:IAO_0000412 obo:NCBITaxon_57576 obo:ncbitaxon.owl)

src/ontology/imports/ncbitaxon_ontofox.txt

@@ -70,6 +70,15 @@ http://purl.obolibrary.org/obo/NCBITaxon_2849586 # Anethum foeniculum
 # DELETED http://purl.obolibrary.org/obo/NCBITaxon_5400 # species:Agrocybe aegerita REPLACED WITH
 http://purl.obolibrary.org/obo/NCBITaxon_1973307 # Cyclocybe aegerita
 
+
+http://purl.obolibrary.org/obo/NCBITaxon_199163 # Inga edulis
+http://purl.obolibrary.org/obo/NCBITaxon_57538 # Vaccinium meridionale
+http://purl.obolibrary.org/obo/NCBITaxon_2870819 # Vaccinium caesariense
+http://purl.obolibrary.org/obo/NCBITaxon_4182 # Sesamum indicum
+http://purl.obolibrary.org/obo/NCBITaxon_136672 # Alibertia patinoi
+http://purl.obolibrary.org/obo/NCBITaxon_483749 # Passiflora tarminiana
+http://purl.obolibrary.org/obo/NCBITaxon_13442 # Coffea
+
 http://purl.obolibrary.org/obo/NCBITaxon_4182 # Sesamum indicum 
 http://purl.obolibrary.org/obo/NCBITaxon_7705 # Holothuroidea / sea cucumber
 http://purl.obolibrary.org/obo/NCBITaxon_9878 # Odocoileus hemionus sitkensis / sitka deer