Ce dépôt centralise l’ensemble des présentations, des posters et des outils de démonstration employés pour présenter la méthode d’enseignement de nos cours de Science des Données Biologiques à l'Université de Mons.
Depuis la rentrée académique 2017-2018, un processus de réflexion est lancé afin de renouveler l’enseignement de la biostatistique au sein du cursus de biologie. Avec la masse de données en croissance exponentielle, nécessitant des outils spécialisés pour les aborder, la crise de la reproductibilité́ en science, l’Open Science, l’Open Data, l’Open Knowledge (Directives européennes), les besoins des étudiants ont évolués.
Les noms des cours sont changés en Sciences des Données Biologiques. Le changement du nom de ces cours va de pair avec une remise en question profonde des notions indispensables à enseigner aux biologistes en matière de science des données ainsi que sur la méthode d’enseignement. Les notions importantes ont été précisément définie et répartie entre les cours de science des données I à V (dont les cours I, II et III sont des cours obligatoires).
Le premier cours de sciences des données biologiques I a été élaboré et dispensé lors de l'année académique 2018-2019. Des données sur l'utilisation du matériel pédagogique par les étudiants sont collectées depuis ce moment afin de permettre une analyse de l'apprentissage par les étudiants dans le but de l'améliorer encore. Prenons comme exemple, la participation aux exercices de type "learnrs". Un très haut taux de participation des étudiants est observé à ces séances d'exercices. Ceci indique donc une forte implication dans l'apprentissage de la matière par la quasi-totalité de la classe.
Le nom des étudiants en ordonnée est flouté. Les différentes séances d'exercices sont en abscisse. Les scores indiquent le taux de réponses aux questions de ces learnrs.
2018_rennes, poster : Introduction de nouveaux outils (learnr, Github classroom, ...) dans les cours de Science des Données Biologiques à l'UMONS
Lors de la septième édition des rencontres R à Rennes sur le site de l'Agrocampus Ouest du 4 au 6 juillet 2018, nous avons présenté le poster s'intitulant : "Introduction de nouveaux outils (learnr, Github classroom, . . . ) dans les cours de Science des Données en Biologie".
2018_vice_recteur, présentation : Science des Données Biologiques : Rendons les étudiants actifs de leurs apprentissages
Lors d'une réunion avec le vice-recteur à l'enseignement de l'Université de Mons (Prof. Marc Demeuse), nous avons réalisé une présentation intitulée : "Science des données biologiques : Rendons les étudiants actifs de leurs apprentissages".
2019_JDE, évènement : Rendons les étudiants acteurs de leur propre apprentissage de la Science des Données Biologiques
Lors de la journée des enseignants de l'UMONS du 15 mars 2019, nous avons organisé un stand (combinaison d'un poster, d'une présentation et d'outils) afin de présenter notre philosophie d'apprentissage de la Science des Données Biologiques. Nous avons intitulé ce stand "Rendons les étudiants acteurs de leur propre apprentissage de la Science des Données Biologiques".
2019_user_toulouse, poster : Better learning of data science in a biology curriculum by using R, RStudio, learnr & GitHub Classroom
Le colloque UseR!2019 qui regroupe les utilisateur mondiaux de R s'est déroulé les 9-12 juillet 2019 à Toulouse. Nous y avons présenté un poster présentant notre méthode d'enseignement de la Science des Données Biologiques à l'UMONS.
2021_user_zurich, note technique : Teaching Biology students to code smoothly with learnr and gradethis. La lightning talk sur An Integrated Teaching Environment for R with {learnitdown} est disponible ici: https://filedn.com/lzGVgfOGxb6mHFQcRn9ueUb/sdd_presentations/UseR_Grosjean_Engels.mp4
Le colloque User!2021, organisé par l'Université de Zürich en distanciel les 5 à 9 juillet 2021 fût l'occasion de brièvement présenter les avancées dans nos cours de Science des Données Biologiques. La note technique se focalise sur l'utilisation de {learnr} et {gradethis}, tandis que l'"elevator pitch" de 5 minutes introduit la plateforme pédadogique que nous avons mis au point pour ces cours. Elle est centrée autour du package R {learnitdown}.
2021_rencontresr_paris, présentations : Retour d'expérience sur l'enseignement de la science des données biologiques en classe inversée. La vidéo démo associée est disponible ici: https://filedn.com/lzGVgfOGxb6mHFQcRn9ueUb/sdd_presentations/rr2021_engels_demo.mp4. Perception de R et RStudio par des apprenants dans des cours de science des données biologiques. L'exercice H5P est à https://h5p.org/node/1193264. Le learnr de démonstration est dans/2021_rencontresr_paris/learnr/duplicated.Rmd. Le plus simple est de l'ouvrir dans RStudio et puis de cliquer sur le bouton "Run Document" pour l'exécuter (les packages {learnr}, {gradethis} -remotes::install_github("rstudio/gradethis")-, {dplyr} et {tibble} sont nécessaires).
Les Rencontres R 2021 à Paris les 12 et 13 juillet 2021, partiellement en présentiel, nous ont permis de présenter plus en détails nos cours de Science des Données Biologiques sous forme de deux exposées successifs de 25 min chacun dans une ambiance plus familière. Le premier exposé détaille le matériel pédagogique (h5p, learnr, projects GitHub, bookdown intégré dans un site Wordpress avec identification via son compte GitHub et Moodle), ainsi que quelques données sur les exercices. La seconde présentation se focalise sur l'apprentissage et l'approche en 4 niveaux d'exercices de difficulté croissante élaborés pour ces cours pour assurer l'assimilation des concepts par la très grosse majorité (>90%) de nos étudiants. Leur perception générale, ainsi que la charge cognitive et l'utilisabilité des outils est également discutée.
2023_jde, évènement : Correction par grilles critériées
La journée des enseignants de l'UMONS du 17 mai 2023, dans sa cinquième édition, a été l'occasion de présenter une nouvelle méthode de correction des projets des étudiants en sciences des données biologiques. Cette méthode est basée sur des grilles critériées, qui permettent une correction plus rapide et plus objective des projets des étudiants. Un application Shiny, implémentée dans le package {learnitgrid} accélère le remplissage ce ces grilles critériées.
2023_rencontresr_avignon, présentation : Application {shiny} de correction de projets individuels utilisant R, RStudio et GitHub. La vidéo de la présentation est accessible ici: https://www.youtube.com/watch?v=FacqP_Ek8Eg.
Les rencontres R 2023 ont eu lieu à Avignon du 21 au 23 juin 2023. Nous en avons profité pour présenter notre application de correction de projets par grilles critériées, basée sur {learnitgrid} et {shiny}. Cette application permet de corriger les projets des étudiants de manière plus rapide et plus objective, tout en leur fournissant des retours plus détaillés sur leur travail.
Nous avons aussi fait le point sur la traduction en français de R, voir: https://www.youtube.com/watch?v=ikJ3wsB7gSI.
2024_rencontresr_vannes, présentation en séance plénière : Apprendre R et les satisitques... grâce à R. La vidéo de la présentation sera accesible sous peu. Poster : Des tableaux et des graphiques prêts à publication avec les packages R {tabularise} et {chart} de la suite SciViews.
Les 12 au 14 juin 2024 ont vu se dérouler les Rencontres R 2024 à Vannes. À cette occasion, nous avons eu l'honneur d'être invité à présenter nos travaux en pédagogie avec R dans une session plénière. Le public était très réceptif. Nous avons aussi présenté un poster sur les packages {tabularise} et {chart} de la suite SciViews qui visent à faciliter la réalisation de tableaux et de graphiques, entre autres, en lien avec les modèles statistiques utilisés. Gros succès aussi puisqu'il a obtenu le prix du meilleur poster (avec deux autres ex æquos).