amino_acids.py

aa = ['F', 'L', 'I', 'M', 'V', 'S', 'P', 'T', 'A', 'Y',
      '|', 'H', 'Q', 'N', 'K', 'D', 'E', 'C', 'W', 'R',
      'G']

codons = [['TTT', 'TTC'],
          ['TTA', 'TTG', 'CTT', 'CTC', 'CTA', 'CTG'],
          ['ATT', 'ATC', 'ATA'],
          ['ATG'],
          ['GTT', 'GTC', 'GTA', 'GTG'],
          ['TCT', 'TCC', 'TCA', 'TCG', 'AGT', 'AGC'],
          ['CCT', 'CCC', 'CCA', 'CCG'],
          ['ACT', 'ACC', 'ACA', 'ACG'],
          ['GCT', 'GCC', 'GCA', 'GCG'],
          ['TAT', 'TAC'],
          ['TAA', 'TAG', 'TGA'],
          ['CAT', 'CAC'],
          ['CAA', 'CAG'],
          ['AAT', 'AAC'],
          ['AAA', 'AAG'],
          ['GAT', 'GAC'],
          ['GAA', 'GAG'],
          ['TGT', 'TGC'],
          ['TGG'],
          ['CGT', 'CGC', 'CGA', 'CGG', 'AGA', 'AGG'],
          ['GGT', 'GGC', 'GGA', 'GGG']]

# create a dictionary lookup table for mapping codons into amino acids
aa_table = {}
for i in range(len(aa)):
    for codon in codons[i]:
        aa_table[codon] = aa[i]