-
Notifications
You must be signed in to change notification settings - Fork 11
New issue
Have a question about this project? Sign up for a free GitHub account to open an issue and contact its maintainers and the community.
By clicking “Sign up for GitHub”, you agree to our terms of service and privacy statement. We’ll occasionally send you account related emails.
Already on GitHub? Sign in to your account
无法显示docking pose,无法显示interactions #16
Comments
你用的哪一个版本,pdbfixer和pdb2pqr没什么影响,只是有的时候蛋白受体,对接不上,才用来修复 |
0.10.2 |
你方便把.dock项目文件发给我调试不呢 |
非常感谢!我刚刚想到可能是Meeko读取sdf文件的问题,但使用Ligand导入功能,从CHEMBL直接导入,仍然有这种情况。dock文件附上: |
你的电脑是不是安装过openbabel,我看到导入的分子没有获取到信息,如果是的话,这是一个BUG,我还没找到解决办法。只要把安装的openbabel卸载,重启,然后重新导入分子就好了 |
刚刚测试了一下,尝试卸载OpenBabel,重装Dockey,重启电脑,重新提交任务,可以正常使用了。 |
好的,这个我还在寻求方法解决,目前只能卸载openbabel |
Sign up for free
to join this conversation on GitHub.
Already have an account?
Sign in to comment
杜老师您好!使用Dockey时,出现了无法显示docking pose,无法显示interactions的问题。双击poses中的项目无法显示对接结构,如图所示:

且此时选择“Save selected pose",导出的PDB文件大小为0字节(文件属性中如此显示),使用记事本打开为空白内容。
先前其他项目的对接中,docking pose和interactions是可以显示的。尚不清楚何种设置导致了这个问题,但怀疑与pdbfixer和pdb2pqr的取消勾选有关。在此项目中,勾选pdbfixer和pdb2pqr后,无法成功运行对接。
谢谢!
The text was updated successfully, but these errors were encountered: