$ pykofamsearch.py -i data/test.faa.gz -o pykofamsearch.cpu12.tsv -b ~/Databases/KOFAM/database.pkl -p=12
Loading serialized KOFAM database
Performing HMMSearch: 100%|███████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████| 26162/26162 [02:22<00:00, 183.46it/s]
real 2m45.083s
user 25m7.288s
sys 0m18.592s
$ pykofamsearch.py -i data/test.faa.gz -o pykofamsearch.tsv -b ~/Databases/KOFAM/database.pkl -p=1
Loading serialized KOFAM database
Performing HMMSearch: 100%|████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████| 26162/26162 [21:05<00:00, 20.68it/s]
real 21m34.051s
user 20m36.916s
sys 0m21.951s
$ pykofamsearch.py -i data/test.faa.gz -o pykofamsearch.enzymes.cpu12.tsv -b ~/Databases/KOFAM/database.enzymes.pkl -p=12
Loading serialized KOFAM database
Performing HMMSearch: 100%|███████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████| 10544/10544 [00:50<00:00, 210.46it/s]
real 0m56.777s
user 9m22.172s
sys 0m5.767s
$ pykofamsearch.py -i data/test.faa.gz -o pykofamsearch.enzymes.tsv -b ~/Databases/KOFAM/database.enzymes.pkl -p=1
Loading serialized KOFAM database
Performing HMMSearch: 100%|████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████| 10544/10544 [07:33<00:00, 23.26it/s]
real 7m39.356s
user 7m32.192s
sys 0m6.974s
% time exec_annotation -o kofamscan_output.cpu_12.tsv -p ~/Databases/KOFAM/profiles -k ~/Databases/KOFAM/ko_list --cpu 12 -f detail-tsv ./test.faa
real 3m40.992s
user 20m8.443s
sys 5m54.489s
% time exec_annotation -o kofamscan_output.tsv -p ~/Databases/KOFAM/profiles -k ~/Databases/KOFAM/ko_list --cpu 1 -f detail-tsv ./test.faa
real 21m53.938s
user 17m37.846s
sys 4m10.003s