Somatic VNTR expansion around chr1:224013772

[jzook]

Severus seems to correctly call an expansion of one haplotype, though not sure of exact length yet:
Chr: chr1
Position: 224013772
ID: severus_INS8772
Reference: N*
Alternate: TGGAATGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAGGAATTGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGAATGGAATGGAATGGAATGGATTGGAATGGAATGGAATGGATGGATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGATTGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGATGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAGATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGACTGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGATATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGGATGGAATGGATGGAATGGAATGGAGAAATGGAATGGATTGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAAGTGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAAGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGATGGATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAAATGGATGGAATGGCATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAAAATGGAATGGAATGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGACTCGAATGGAATGGAATGGAC
Qual: 60
Type: INDEL
Is Filtered Out: No

Variant Attributes
PRECISE: true
MAPQ: 60.0
PHASESETID: 223776424
SVTYPE: INS
HP: 1
SVLEN: 2446
INSIDE_VNTR: TRUE

Normal plot from TRGT

Tumor plot from TRGT

IGV plot showing tumor assembly is different from normal, though I think the haplotypes might be incorrect on normal or tumor, so will be good to look at new normal assembly