add get_fasta_from_bed.sh

Author: jaquol

get_fasta_from_bed.sh

@@ -0,0 +1,64 @@
+#!/bin/bash
+
+
+#==================================================================================================
+# Created on: 2017-12-01
+# Usage: ./get_fasta_from_bed.sh
+# Author: [email protected]
+# Goal: get FASTA sequence for each entry in a BED file
+#==================================================================================================
+
+
+#==================================================================================================
+# CONFIGURATION VARIABLES AND PATHS
+#==================================================================================================
+
+# variables
+process=get_fasta_from_bed
+ibed=$HOME/assemblies/homo_sapiens/hg38/pirna_cluster_db/proTRAC_normal_ovary_and_testis_generic_clusterd_piRNAs.bed
+ifa=$HOME/assemblies/homo_sapiens/hg38/ucsc/hg38_chr1-22XYMUn.fa
+ofa=$HOME/assemblies/homo_sapiens/hg38/pirna_cluster_db/hg38_pirnas.fa
+
+# Paths
+JOB_CMD=$HOME/utils/job_cmd 
+JOB_OUT=$HOME/utils/job_out
+mkdir -p $JOB_CMD
+mkdir -p $JOB_OUT
+bedtools=`which bedtools`
+
+# CRG cluster parameters
+queue=short-sl7
+memory=10G
+max_time=06:00:00
+slots=1
+
+
+
+#==================================================================================================
+# JOB
+#==================================================================================================
+
+# Build job: parameters
+job_name=${process}
+job_file=$JOB_CMD/$job_name.sh
+m_out=$JOB_OUT
+echo "#!/bin/bash
+#$ -N $job_name
+#$ -q $queue
+#$ -l virtual_free=$memory
+#$ -l h_rt=$max_time
+#$ -M [email protected]
+#$ -m abe
+#$ -j y
+#$ -o $m_out/${job_name}_\$JOB_ID.out
+#$ -e $m_out/${job_name}_\$JOB_ID.err
+#$ -pe smp $slots" > $job_file
+
+# build kallisto index
+job_cmd="$bedtools getfasta -fi $ifa -bed $ibed -fo $ofa"
+echo $job_cmd >> $job_file
+
+# Submit job
+chmod a+x $job_file 
+qsub < $job_file
+