main.tex

\documentclass[12pt, oneside]{book}
\usepackage[a4paper,top=2.5cm,bottom=2.5cm,left=3.5cm,right=2cm]{geometry}
\usepackage[utf8]{inputenc}
\usepackage[T1]{fontenc}
\usepackage{graphicx}
\usepackage{url}
\usepackage[hidelinks,breaklinks]{hyperref}
%\usepackage[slovak]{babel} % vypnite pre prace v anglictine
\linespread{1.25} % hodnota 1.25 by mala zodpovedat 1.5 riadkovaniu
\usepackage{amsthm}
\usepackage{amsmath}

% -------------------
% --- Definicia zakladnych pojmov
% --- Vyplnte podla vasho zadania
% -------------------
\def\mfrok{2018}
\def\mfnazov{Multiple Alignment and Visualization of Nanopore Sequencing Signals}
\def\mftyp{Bachelor thesis}
\def\mfautor{Dávid Barbora}
\def\mfskolitel{doc. Mgr. Tomáš Vinař, PhD.}

%ak mate konzultanta, odkomentujte aj jeho meno na titulnom liste
\def\mfkonzultant{tit. Meno Priezvisko, tit. }  

\def\mfmiesto{Bratislava, \mfrok}

%aj cislo odboru je povinne a je podla studijneho odboru autora prace
\def\mfodbor{2508 Informatics} 
\def\program{ Computer Science }
\def\mfpracovisko{ Department of Computer Science }

\begin{document}     
\frontmatter


% -------------------
% --- Obalka ------
% -------------------
\thispagestyle{empty}

\begin{center}
\sc\large
Comenius University Bratislava\\
Faculty of Mathematics, Physics and Informatics

\vfill

{\LARGE\mfnazov}\\
\mftyp
\end{center}

\vfill

{\sc\large 
\noindent \mfrok\\
\mfautor
}

\eject % EOP i
% --- koniec obalky ----

% -------------------
% --- Titulný list
% -------------------

\thispagestyle{empty}
\noindent

\begin{center}
\sc\large
Comenius University Bratislava\\
Faculty of Mathematics, Physics and Informatics

\vfill

{\LARGE\mfnazov}\\
\mftyp
\end{center}

\vfill

\noindent
\begin{tabular}{ll}
Study programme: & \program \\
Study field: & \mfodbor \\
Department: & \mfpracovisko \\
Supervisor: & \mfskolitel \\
% Konzultant: & \mfkonzultant \\
\end{tabular}

\vfill


\noindent \mfmiesto\\
\mfautor

\eject % EOP i


% --- Koniec titulnej strany


% -------------------
% --- Zadanie z AIS
% -------------------
% v tlačenej verzii s podpismi zainteresovaných osôb.
% v elektronickej verzii sa zverejňuje zadanie bez podpisov

\newpage 
\thispagestyle{empty}
\hspace{-2cm}\includegraphics[width=1.1\textwidth]{images/zadanie-en}

\newpage 
\thispagestyle{empty}
\hspace{-2cm}\includegraphics[width=1.1\textwidth]{images/zadanie}

% --- Koniec zadania

\frontmatter

% -------------------
%   Poďakovanie - nepovinné
% -------------------
\setcounter{page}{3}
\newpage 
~

\vfill
{\bf Acknowledgement:} I would like to thank Tomáš Vinař for his guidance, patience
and consultations. I would also like to thank Jakub Havelka for providing preprocessed data for testing.

% --- Koniec poďakovania

% -------------------
%   Abstrakt - Slovensky
% -------------------
\newpage 
\section*{Abstrakt}

Výsledkom nanopórového sekvenovania sú postupnosti signálov vytvorené na základe referenčnej DNA. V týchto signáloch je vysoká variabilita a každá pozícia je typicky prečítaná viackrát. Štandardný postup pri analýze týchto dát je preložiť každý prečítaný signál na DNA sekvenciu. Tieto sekvencie sú vzájomne zarovnávné pre vyhladenie chýb vzniknutých pri preklade a vytvorenie výslednej sekvencie. Náš prístup je opačný. Najprv zarovnáme signály a vytvoríme z nich jeden ktorý bude preložený na DNA sekvenciu. V práci analyzujeme viaceré možnosti pre 
viacnásobné zarovnanie signálov s cieľom vytvoriť jeden signál ktorý vyprodukuje menej chýb pri preklade.

\paragraph*{Kľúčové slová:} nanopórové sekvenovanie, dynamic time warping, viacnásobné zarovnávanie
% --- Koniec Abstrakt - Slovensky


% -------------------
% --- Abstrakt - Anglicky 
% -------------------
\newpage 
\section*{Abstract}

Nanopore sequencing produces signals based on the underlying reference DNA. However, there is a large variability in these signals and at the same time, each position is typically read several times. The standard approach to analyze these data is to translate each signal read into the DNA sequence. These sequences are aligned to each other to fix mistakes introduced in process of translation and to produce consensus sequence. Our approach is different. At first we align signals and produce one signal and then we translate it to the DNA sequence. We analyze multiple approaches 
to multiple signal alignment with the goal of producing one signal that will result in fewer translation mistakes.

\paragraph*{Keywords:} nanopore sequencing, dynamic time warping, multiple alignment

% --- Koniec Abstrakt - Anglicky

% -------------------
% --- Predhovor - v informatike sa zvacsa nepouziva
% -------------------
%\newpage 
%\thispagestyle{empty}
%
%\huge{Predhovor}
%\normalsize
%\newline
%Predhovor je všeobecná informácia o práci, obsahuje hlavnú charakteristiku práce 
%a okolnosti jej vzniku. Autor zdôvodní výber témy, stručne informuje o cieľoch 
%a význame práce, spomenie domáci a zahraničný kontext, komu je práca určená, 
%použité metódy, stav poznania; autor stručne charakterizuje svoj prístup a svoje 
%hľadisko. 
%
% --- Koniec Predhovor


% -------------------
% --- Obsah
% -------------------

\newpage 

\tableofcontents

% ---  Koniec Obsahu

% -------------------
% --- Zoznamy tabuliek, obrázkov - nepovinne
% -------------------

\newpage 

\listoffigures
%\listoftables

% ---  Koniec Zoznamov

\mainmatter


\input introduction.tex 

\input bio.tex

\input alignment.tex

\input squiggles.tex

\input visualisation.tex

\input experiments.tex

\input conclusion.tex

% -------------------
% --- Bibliografia
% -------------------


\newpage    

\backmatter

\thispagestyle{empty}
\nocite{*}
\clearpage

\bibliographystyle{plain}
\bibliography{literatura} 

%Prípadne môžete napísať literatúru priamo tu
%\begin{thebibliography}{5}
 
%\bibitem{br1} MOLINA H. G. - ULLMAN J. D. - WIDOM J., 2002, Database Systems, Upper Saddle River : Prentice-Hall, 2002, 1119 s., Pearson International edition, 0-13-098043-9

%\bibitem{br2} MOLINA H. G. - ULLMAN J. D. - WIDOM J., 2000 , Databasse System implementation, New Jersey : Prentice-Hall, 2000, 653s., ???

%\bibitem{br3} ULLMAN J. D. - WIDOM J., 1997, A First Course in Database Systems, New Jersey : Prentice-Hall, 1997, 470s., 

%\bibitem{br4} PREFUSE, 2007, The Prefuse visualization toolkit,  [online] Dostupné na internete: <http://prefuse.org/>

%\bibitem{br5} PREFUSE Forum, Sourceforge - Prefuse Forum,  [online] Dostupné na internete: <http://sourceforge.net/projects/prefuse/>

%\end{thebibliography}

%---koniec Referencii

% -------------------
%--- Prilohy---
% -------------------

%Nepovinná časť prílohy obsahuje materiály, ktoré neboli zaradené priamo  do textu. Každá príloha sa začína na novej strane.
%Zoznam príloh je súčasťou obsahu.
%
%\addcontentsline{toc}{chapter}{Appendix A}
%\input AppendixA.tex
%
%\addcontentsline{toc}{chapter}{Appendix B}
%\input AppendixB.tex

\end{document}