Merge pull request #102 from czi-catalystproject/blog-highlight-nmaist

Community Partner Highlight – NM-AIST

catalystbook/blog/community-highlight-nmaist-en.md

@@ -0,0 +1,47 @@
+---
+blogpost: true
+date: Oct 14, 2024
+author: Katie Pratt (CSCCE), Sabrina López (MetaDocencia)
+tags: Community Partners
+language: English
+---
+
+# Community Partner Highlight - Nelson Mandela African Institution of Science and Technology (NM-AIST)
+
+*This blog post is part of a series highlighting the [Catalyst Project’s Community Partners](../current-community-partners.md), who are using the Catalyst Project cloud infrastructure to further various projects in the biosciences. Community Partners also play a vital role in shaping our governance model to help us sustain, scale and maximise impact in Latin America, Africa, and under-served communities around the world.*
+
+In this blog post, Beatus M. Lyimo shares how partnering with the Catalyst Project is impacting the Nelson Mandela African Institution of Science and Technology (NM-AIST) in Tanzania.
+
+**Could you introduce yourself to our readers? Tell us about your organisation/institute/project and the research the members of your community are working on right now.**
+
+I am Beatus M. Lyimo, group leader of the Northern Tanzania One Health Research Group, hosted at the [Nelson Mandela African Institution of Science and Technology (NM-AIST)](https://nm-aist.ac.tz/) in Arusha, Tanzania. Our group, consisting of 5 members—both PhD and masters scholars—focuses on researching the transmission dynamics, genetic diversity, and antimicrobial resistance of the Mycobacterium tuberculosis complex (Mtb) between humans and livestock in Northern Tanzania. By adopting a One Health approach, we aim to better understand cross-species transmission and contribute to improving public health strategies.
+
+Our main objective is to identify and characterise Mtb strains circulating in Northern Tanzania, particularly how they affect both humans and livestock. We investigate the genetic diversity of these strains, their virulence, and their antimicrobial resistance profiles. This work is crucial to addressing tuberculosis in both human and animal populations and developing effective strategies to mitigate its spread.
+
+Through the Catalyst Project cloud infrastructure, we aim to leverage advanced genomic analysis tools to examine whole-genome sequences of Mtb strains. This will enhance our understanding of the genetic diversity and resistance mechanisms of the bacteria. Additionally, this platform provides us with the opportunity to collaborate with other researchers globally, enabling us to broaden the impact of our research.
+
+Our research group has 5 active members, and we collaborate closely with other researchers and students at NM-AIST. All 5 of us are involved in working with the Catalyst Project infrastructure, using it for genomic data analysis, sharing findings, and building expertise in bioinformatics.
+
+:::{pull-quote}
+"Partnering with the Catalyst Project has been transformative for our research community. The access to training, particularly through the 2i2c Hub Champion Training, has significantly enhanced our ability to manage and optimise cloud-based resources."
+:::
+
+**What are you specifically using the cloud infrastructure for? What kinds of data are stored there? What software packages does your community use?**
+
+We are using the Catalyst Project’s cloud infrastructure to store and analyse whole-genome sequence data from Mycobacterium tuberculosis (Mtb) strains isolated from humans and livestock in Northern Tanzania. This infrastructure will significantly improve our ability to handle large-scale genomic data, perform detailed analyses, and facilitate collaboration by enabling efficient data storage, genome annotation, and the identification of antimicrobial resistance genes.
+
+Our project operates at the national level, focusing on Northern Tanzania, but also includes regional collaboration with neighbouring East African countries such as Kenya and Uganda. The cloud infrastructure supports both local and regional efforts to understand the genetic diversity and transmission dynamics of Mtb between humans and livestock.
+
+We employ a range of bioinformatics tools, including:
+- Prokka for genome annotation
+- Shovill for de novo assembly of genome sequences
+- FastTree for phylogenetic analysis
+- DnaSP for genetic diversity analysis
+- Scikit-learn for machine learning and predictive modeling
+- Rfinder for identifying antimicrobial resistance genes These tools enable comprehensive genomic analysis, including the detection of resistance mechanisms and the examination of evolutionary relationships between strains.
+
+The Catalyst Project collaboration will significantly improve our research capabilities by providing advanced tools and computational resources. This partnership enables seamless data sharing and access to critical bioinformatics tools, fostering more efficient workflows and accelerating our research progress.
+
+**Can you tell us about your experience with the Catalyst Project so far? E.g., have you participated in any training options through Catalyst? What have you enjoyed most so far?**
+
+Our involvement with the Catalyst Project has been highly beneficial, particularly through our participation in the 2i2c Hub Champion Training.

catalystbook/blog/community-highlight-nmaist-es.md

@@ -0,0 +1,49 @@
+---
+blogpost: true
+date: Oct 14, 2024
+author: Katie Pratt (CSCCE), Kevin Cabana, (MetaDocencia), Sabrina López (MetaDocencia)
+tags: Comunidades asociadas
+language: Español
+---
+
+# Comunidad Asociada Destacada - Instituto Africano de Ciencia y Tecnología Nelson Mandela (NM-AIST)
+
+*Esta publicación es parte de una serie que destaca a [las Comunidades asociadas del Proyecto Catalyst](../current-community-partners.md), quienes están utilizando la infraestructura en la nube del Proyecto Catalyst para avanzar en diversos proyectos en las biociencias. Nuestras Comunidades asociadas también juegan un papel vital en la configuración de nuestro modelo de gobernanza, ayudándonos a sostener, escalar y maximizar el impacto en América Latina, África y comunidades desatendidas en todo el mundo.*
+
+En esta publicación, Beatus M. Lyimo comparte cómo la colaboración con el Proyecto Catalyst está impactando al Instituto Africano de Ciencia y Tecnología Nelson Mandela (NM-AIST, por _Nelson Mandela African Institution of Science and Technology_) en Tanzania.
+
+**¿Podrías presentarte a nuestros lectores? Cuéntanos sobre tu organización/instituto/proyecto y sobre la investigación en la que está trabajando actualmente tu comunidad.**
+
+Soy Beatus M. Lyimo, líder del grupo de investigación One Health del norte de Tanzania, albergado en el [Instituto Africano de Ciencia y Tecnología Nelson Mandela (NM-AIST)](https://nm-aist.ac.tz/) en Arusha, Tanzania. Nuestro grupo, que consta de 5 miembros, tanto estudiantes de doctorado como de maestría, se centra en investigar la dinámica de transmisión, la diversidad genética y la resistencia a los antimicrobianos del complejo Mycobacterium tuberculosis (Mtb) entre humanos y ganado en el norte de Tanzania. Adoptando un enfoque de One Health, buscamos comprender mejor la transmisión entre especies y contribuir a mejorar las estrategias de salud pública.
+
+Nuestro principal objetivo es identificar y caracterizar las cepas de Mtb que circulan en el norte de Tanzania, en particular cómo afectan tanto a los humanos como al ganado. Investigamos la diversidad genética de estas cepas, su virulencia y sus perfiles de resistencia a los antimicrobianos. Este trabajo es crucial para abordar la tuberculosis en poblaciones humanas y animales y desarrollar estrategias efectivas para mitigar su propagación.
+
+A través de la infraestructura en la nube del Proyecto Catalyst, buscamos aprovechar herramientas avanzadas de análisis genómico para examinar secuencias del genoma completo de las cepas de Mtb. Esto mejorará nuestra comprensión de la diversidad genética y los mecanismos de resistencia de las bacterias. Además, esta plataforma nos brinda la oportunidad de colaborar con otros investigadores a nivel mundial, lo que nos permite ampliar el impacto de nuestra investigación.
+
+Nuestro grupo de investigación tiene 5 miembros activos, y colaboramos estrechamente con otros investigadores y estudiantes en el NM-AIST. Todos los miembros participan en el uso de la infraestructura del Proyecto Catalyst, utilizándola para el análisis de datos genómicos, compartir hallazgos y desarrollar experiencia en bioinformática.
+
+:::{pull-quote}
+"Colaborar con el Proyecto Catalyst ha sido transformador para nuestra comunidad de investigación. El acceso a capacitaciones, en particular a través de la formación para Campeones y Campeonas del Hub de 2i2c, ha mejorado significativamente nuestra capacidad para gestionar y optimizar recursos basados en la nube."
+:::
+
+**¿Qué uso específico le están dando a la infraestructura en la nube? ¿Qué tipo de datos almacenan allí? ¿Qué paquetes de software utiliza tu comunidad?**
+
+Estamos utilizando la infraestructura en la nube del Proyecto Catalyst para almacenar y analizar secuencias genómicas completas de cepas de Mycobacterium tuberculosis (Mtb) aisladas de humanos y ganado en el norte de Tanzania. Esta infraestructura mejora significativamente nuestra capacidad para manejar grandes volúmenes de datos genómicos, realizar análisis detallados y facilitar la colaboración mediante un almacenamiento eficiente de datos, anotación de genomas y la identificación de genes de resistencia a los antimicrobianos.
+
+Nuestro proyecto opera a nivel nacional, con un enfoque en el norte de Tanzania, pero también incluye colaboración regional con países vecinos de África Oriental, como Kenia y Uganda. La infraestructura en la nube apoya tanto los esfuerzos locales como regionales para entender la diversidad genética y la dinámica de transmisión de Mtb entre humanos y ganado.
+
+Utilizamos una variedad de herramientas de bioinformática, entre ellas:
+- Prokka para la anotación de genomas.
+- Shovill para el ensamblaje de novo de secuencias genómicas.
+- FastTree para análisis filogenético.
+- DnaSP para análisis de diversidad genética.
+- Scikit-learn para aprendizaje automático y modelado predictivo.
+- Rfinder para identificar genes de resistencia a los antimicrobianos.
+
+Estas herramientas permiten un análisis genómico integral, incluida la detección de mecanismos de resistencia y el examen de las relaciones evolutivas entre las cepas.
+
+La colaboración con el Proyecto Catalyst mejorará significativamente nuestras capacidades de investigación al proporcionar herramientas avanzadas y recursos computacionales. Esta asociación permite un flujo de trabajo más eficiente, facilitando el intercambio de datos y el acceso a herramientas bioinformáticas críticas, lo que acelera el progreso de nuestra investigación.
+
+**¿Podrías contarnos cómo fue hasta ahora tu experiencia con el Proyecto Catalyst? Por ejemplo, ¿has participado en alguna capacitación ofrecida por Catalyst? ¿Qué es lo que has disfrutado más?**
+
+Nuestra participación en el Proyecto Catalyst ha sido sumamente beneficiosa, especialmente a través de nuestra participación en la formación para Campeones y Campeonas del Hub de 2i2c.