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Community Partner Highlight – NNB-CCG

catalystbook/blog/community-highlight-nnbccg-en.md

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+blogpost: true
+date: Oct 28, 2024
+author: Katie Pratt (CSCCE), Sabrina López (MetaDocencia)
+tags: Community Partners
+language: English
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+# Community Partner Highlight - Nodo Nacional de Bioinformática (NNB-CCG)
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+*This blog post is part of a series highlighting the [Catalyst Project’s Community Partners](../current-community-partners.md), who are using the Catalyst Project cloud infrastructure to further various projects in the biosciences. Community Partners also play a vital role in shaping our governance model to help us sustain, scale and maximise impact in Latin America, Africa, and under-served communities around the world.*
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+In this blog post, Shirley Alquicira Hernández and Irma Martínez Flores share how partnering with the Catalyst Project is impacting the Nodo Nacional de Bioinformática (NNB-CCG) in México.
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+**Could you introduce yourself to our readers? Tell us about your organization/institute/project and the research the members of your community are working on right now.**
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+The Nodo Nacional de Bioinformática (NNB-CCG) of the Centro de Ciencias Genómicas (CCG) - Universidad Nacional Autónoma de México (UNAM) is a group that brings together professionals and academics to support, provide services, and maintain the growth of the field of bioinformatics in the country's research. Since September 2001, the NNB-CCG has belonged to the global network of bioinformatics centers, EMBnet (European Bioinformatics Network formed in 1988), with more than 30 nodes on five continents.
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+The main goals of the NNB-CCG are:
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+- Provide education and training in bioinformatics.
+- Support bioinformatics-related research.
+- Establish links with academic and commercial sectors.
+- Promote global cooperation with other bioinformatics-related networks and communities.
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+Using the Catalyst Project infrastructure, the NNB-CCG seeks to support researchers of the CCG and ensure they have computational resources to speed up their research and obtain results more efficiently. We are also working to provide our training workshops with cloud services, which help our national and foreign participants develop skills for bioinformatics analysis. And, we hope to promote cooperation between other bioinformatics communities.
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+These efforts are significant to the community NNB-CCG as they bring together and benefit people from different disciplines, including biology, computational, and chemistry.
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+:::{pull-quote}
+"Our community consists of Latin American users who need training in bioinformatics, so we require constant access to computing resources. Through the Catalyst Project, we will conduct practical tests to gain experience in managing the system with the support of resources such as consulting, advice, and availability of resources provided through group collaboration. The goal is to optimize our participation in events, assess the usefulness of the Catalyst Project's resources, and, in turn, provide the Catalyst Project with guidelines to improve their service by identifying the necessary areas for improvement within the institutions."
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+**What are you specifically using the cloud infrastructure for? What kinds of data are stored there? What software packages does your community use?**
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+The NNB aims to train researchers, technicians, students, and those interested in the field through workshops in bioinformatics to promote research projects related to Genomic Sciences in Mexico and Latin America. Our online and in-person workshops are focused on programming in different languages like Python and R, and support participants in learning the techniques and programs needed to develop their projects.
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+In our workshops, we use a range of different bioinformatics software. Some of these are:
+`FastQC`, `Prokka`, `antiSMASH`, `BigSCAPE`, `EvoMining`, `CORASON`, `Blast+`, `Clustal-Omega`, `Seaview`, `PhyML`, `FigTree`, `jModelTest2`, `MrBayes`, `GET_HOMOLOGUES`, `GET_PHYLOMARKERS`, among others.
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+Depending on the kind of workshop, we change the applications and tools our participants will use, and we select a subset of the data to work on and analyse.
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+**Can you tell us about your experience with the Catalyst Project so far? E.g., have you participated in any training options through Catalyst? What have you enjoyed most so far?**
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+We have had the opportunity to participate in the [2i2c Hub Champion Training](../training.md). This training was interesting for us because we could learn different aspects of managing our hub, how to interact with users, and best practices for organising the work so that we can offer a good experience to our users.
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+Our core staff working with the Catalyst Project are already certified Carpentries Instructors, thanks to our 2017 partnership with The Carpentries. However, we anticipate that others on our team who are interested in developing better pedagogical techniques will also benefit from this training delivered by MetaDocencia through the Catalyst Project.
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+:::::{grid} 1 1 2 2
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+:::{figure} /images/blog/community-partner-highlights/nnb-ccg-1.png
+:alt: Shirley and Irma using the Catalyst hub on their laptops.
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+::::{grid-item}
+:::{figure} /images/blog/community-partner-highlights/nnb-ccg-2.png
+:alt: A close up photo a FastQC report on JupyterLab.
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+::::{grid-item}
+:::{figure} /images/blog/community-partner-highlights/nnb-ccg-3.png
+:alt: Shirley and Alfredo collaborating together with their laptops.
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+::::{grid-item}
+:::{figure} /images/blog/community-partner-highlights/nnb-ccg-4.png
+:alt: A shot from behind Shirley and Alfredo collaborating together with their laptops.
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+<p class="figure-caption">These photos show Alfredo Hernández, Irma Martínez, and Shirley Alquicira executing a data analysis using the `fastqc` program on the Catalyst hub infrastructure.</p>
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+*All Photos courtesy of Shirley Alquicira Hernández.*

catalystbook/blog/community-highlight-nnbccg-es.md

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+blogpost: true
+date: Oct 28, 2024
+author: Katie Pratt (CSCCE), Kevin Cabana, (MetaDocencia), Sabrina López (MetaDocencia)
+tags: Comunidades asociadas
+language: Español
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+# Comunidad Asociada Destacada -  Nodo Nacional de Bioinformática (NNB-CCG)
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+*Esta publicación es parte de una serie que destaca a [las Comunidades asociadas del Proyecto Catalyst](../current-community-partners.md), quienes están utilizando la infraestructura en la nube del Proyecto Catalyst para avanzar en diversos proyectos en las biociencias. Nuestras Comunidades asociadas también juegan un papel vital en la configuración de nuestro modelo de gobernanza, ayudándonos a sostener, escalar y maximizar el impacto en América Latina, África y comunidades desatendidas en todo el mundo.*
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+En esta publicación, Shirley Alquicira Hernández e Irma Martínez Flores comparten cómo la colaboración con el Proyecto Catalyst está impactando al Nodo Nacional de Bioinformática (NNB-CCG) en México.
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+**¿Podrías presentarte a nuestros lectores? Cuéntanos sobre tu organización/instituto/proyecto y sobre la investigación en la que está trabajando actualmente tu comunidad.**
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+El Nodo Nacional de Bioinformática (NNB-CCG) del Centro de Ciencias Genómicas (CCG) de la Universidad Nacional Autónoma de México (UNAM) es un grupo que reúne a profesionales y académicos para apoyar, proveer servicios y fomentar el crecimiento del campo de la bioinformática en la investigación del país. Desde septiembre de 2001, el NNB-CCG ha formado parte de la red global de centros de bioinformática, EMBnet (Red Europea de Bioinformática formada en 1988), con más de 30 nodos en cinco continentes.
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+Los principales objetivos del NNB-CCG son:
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+- Brindar educación y capacitación en bioinformática.
+- Apoyar la investigación relacionada con bioinformática.
+- Establecer vínculos con los sectores académicos y comerciales.
+- Promover la cooperación global con otras comunidades relacionadas con bioinformática.
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+A través de la infraestructura del Proyecto Catalyst, el NNB-CCG busca apoyar a quienes investigan en el CCG, asegurando que cuenten con los recursos computacionales necesarios para acelerar sus investigaciones y obtener resultados de manera más eficiente. Además, estamos trabajando para ofrecer servicios en la nube en nuestros talleres de capacitación, lo que permite a nuestros participantes nacionales y extranjeros desarrollar habilidades en análisis bioinformático. Asimismo, esperamos promover la cooperación entre otras comunidades bioinformáticas.
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+Estos esfuerzos son importantes para la comunidad del NNB-CCG, ya que reúnen y benefician a personas de diferentes disciplinas, como biología, computación y química.
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+:::{pull-quote}
+“Nuestra comunidad está compuesta por usuarios latinoamericanos que necesitan formación en bioinformática, por lo que requerimos acceso constante a recursos computacionales. A través del Proyecto Catalyst, realizaremos pruebas prácticas para adquirir experiencia en la gestión del sistema con el apoyo de recursos como consultoría, asesoramiento y disponibilidad de recursos proporcionados a través de la colaboración grupal. El objetivo es optimizar nuestra participación en eventos, evaluar la utilidad de los recursos del Proyecto Catalyst y, a su vez, proporcionar pautas para mejorar su servicio identificando las áreas necesarias de mejora dentro de las instituciones.”
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+**¿Qué uso específico le están dando a la infraestructura en la nube? ¿Qué tipo de datos almacenan allí? ¿Qué paquetes de software utiliza tu comunidad?**
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+El NNB tiene como objetivo capacitar a investigadores, técnicos, estudiantes y personas interesadas en el campo a través de talleres de bioinformática, promoviendo proyectos de investigación relacionados con las Ciencias Genómicas en México y América Latina. Nuestros talleres, tanto en línea como presenciales, están enfocados en la programación en diferentes lenguajes como Python y R, apoyando a los participantes en el aprendizaje de técnicas y programas necesarios para desarrollar sus proyectos.
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+En nuestros talleres utilizamos una variedad de software bioinformático, entre ellos:
+`FastQC`, `Prokka`, `antiSMASH`, `BigSCAPE`, `EvoMining`, `CORASON`, `Blast+`, `Clustal-Omega`, `Seaview`, `PhyML`, `FigTree`, `jModelTest2`, `MrBayes`, `GET_HOMOLOGUES`, `GET_PHYLOMARKERS`, entre otros.
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+Dependiendo del tipo de taller, cambiamos las aplicaciones y herramientas que nuestros participantes usarán, y seleccionamos un subconjunto de los datos para trabajar y analizar.
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+**¿Podrías contarnos cómo fue hasta ahora tu experiencia con el Proyecto Catalyst? Por ejemplo, ¿has participado en alguna capacitación ofrecida por Catalyst? ¿Qué es lo que has disfrutado más?**
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+Hemos tenido la oportunidad de participar en [la formación para Campeones y Campeonas del Hub de 2i2c](../training.md). Este entrenamiento fue interesante para nosotros porque pudimos aprender diferentes aspectos sobre la gestión de nuestro hub, cómo interactuar con los usuarios y las mejores prácticas para organizar el trabajo de manera que podamos ofrecer una buena experiencia a nuestros usuarios.
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+Nuestro personal principal que trabaja con el Proyecto Catalyst ya está certificado como instructores de The Carpentries, gracias a nuestra colaboración en 2017 con dicha organización. Sin embargo, anticipamos que otros miembros de nuestro equipo, interesados en desarrollar mejores técnicas pedagógicas, también se beneficiarán de este entrenamiento ofrecido por MetaDocencia a través del Proyecto Catalyst.
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+:::{figure} /images/blog/community-partner-highlights/nnb-ccg-1.png
+:alt: Shirley and Irma using the Catalyst hub on their laptops.
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+:alt: A close up photo a FastQC report on JupyterLab.
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+:::{figure} /images/blog/community-partner-highlights/nnb-ccg-3.png
+:alt: Shirley and Alfredo collaborating together with their laptops.
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+:::{figure} /images/blog/community-partner-highlights/nnb-ccg-4.png
+:alt: A shot from behind Shirley and Alfredo collaborating together with their laptops.
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+<p class="figure-caption">Estas fotos muestran a Alfredo Hernández, Irma Martínez, y Shirley Alquicira ejecutando un análisis de datos utilizando el programa `fastqc` en la infraestructura del hub de Catalyst.</p>
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+*Fotos cortesía de Shirley Alquicira Hernández.*