From 23d783f0b93c0a949c1161d5ab066dd0c4dd33ee Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: =?UTF-8?q?Diana=20Hern=C3=A1ndez-Oaxaca?= Date: Wed, 30 Oct 2024 14:42:20 -0600 Subject: [PATCH] Update BinningRefinmentDereplication.md --- _extras/BinningRefinmentDereplication.md | 12 ++++++++++-- 1 file changed, 10 insertions(+), 2 deletions(-) diff --git a/_extras/BinningRefinmentDereplication.md b/_extras/BinningRefinmentDereplication.md index 95303ab..d52cb7e 100644 --- a/_extras/BinningRefinmentDereplication.md +++ b/_extras/BinningRefinmentDereplication.md @@ -20,8 +20,16 @@ En los [días anteriores](https://carpentries-lab.github.io/metagenomics-analysi De acuerdo con el flujo de análisis (Figura 1), debemos partir de un ensamble, mapear las lecturas y obtener un archivo de profundidad de cada contig en el ensamble.
-> ## Archivos de profundidad -> El proceso de mapeo es demandante en tiempo de ejecución y recursos. Así que nos dimos a la tarea de generar el archivo de profundidad para comenzar directamente con el *binning*. +> ## Archivos necesarios para hacer _binning_ +> +> El proceso de ensamble y mapeo son demandantes en tiempo de ejecución y recursos. Así que nos dimos a la tarea de generar el ensamble +> y el archivo de profundidad para comenzar directamente con el *binning*. El ensamble lo corrimos con Megahit, te dejamos la línea que usamos: +> ```bash +> # Megahit +> megahit -1 data/full/48hrs_sm_R1.fastq -2 data/full/48hrs_sm_R2.fastq --min-contig-len 500 -t 40 --presets meta-sensitive --out-prefix 48hrs -o results/02.assembliesfull/megahit/48hrs +> # Con Metaspades podría ser asi: +> spades.py --meta -1 data/48hrs_sm_R1_5M.fastq -2 data/48hrs_sm_R2_5M.fastq -o results/02.assemblies/metaspades/48hrs +> ``` > > El mapeo lo corrimos con [bowtie2](https://bowtie-bio.sourceforge.net/bowtie2/manual.shtml#introduction) que es una herramienta confiable > y muy utilizada para alinear lecturas cortas a una referencia, en nuestro caso, la referencia es el ensamble metagenómico de la muestra de 48hrs.