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office_commit_merge_shell.md

File metadata and controls

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A standard procedure for merge (office) gatk repository to Schaudge:gatk4

Step 1: From your project repository, check out a new branch and test the changes.

默认情况下 git checkout -b 将基于当前 HEAD 指向的分支创建新分支.

git checkout -b new-branch existing-branch

git checkout 命令后面跟着 existing-branch 参数，然后新分支基于该指定的分支而不是当前 HEAD.

git checkout -b broadinstitute-master master(已存在本地分支名)

设置 pull 操作自动合并策略 (如配置，可忽略)

git config pull.rebase false

git pull使用给定的参数运行git fetch，并调用git merge将检索到的分支头(master)合并到当前分支(broadinstitute-master)中.

使用--rebase，它运行git rebase而不是git merge.

pull命令使用参考: git pull <远程仓库地址> <远程分支名>:<本地分支名>

git pull https://github.com/broadinstitute/gatk.git master(:broadinstitute-master)

参考提示如下 ...

接收对象中: 100% (568/568), 257.96 KiB | 236.00 KiB/s, 完成.

处理 delta 中: 100% (292/292), 完成 148 个本地对象.

来自 https://github.com/broadinstitute/gatk

* branch master -> FETCH_HEAD

删除 src/main/java/org/broadinstitute/hellbender/utils/codecs/FeaturesHeader.java

自动合并 src/main/java/org/broadinstitute/hellbender/tools/walkers/mutect/Mutect2Engine.java

自动合并 src/main/java/org/broadinstitute/hellbender/tools/walkers/haplotypecaller/AssemblyBasedCallerUtils.java

*** !!! 冲突（内容）：合并冲突于 src/main/java/org/broadinstitute/hellbender/tools/walkers/haplotypecaller/AssemblyBasedCallerUtils.java

删除 scripts/travis/install_gcloud.sh

删除 scripts/travis/install_and_authenticate_to_gcloud.sh

删除 scripts/travis/check_for_pull_request

删除 scripts/travis/README.md

删除 .travis.yml

自动合并 .gitignore

*** !!! 冲突（内容）：合并冲突于 .gitignore

自动合并失败，修正冲突然后提交修正的结果。

Step 2: manual correct the expected modification and commit

git status

您有尚未合并的路径。

（解决冲突并运行 "git commit"）

（使用 "git merge --abort" 终止合并）

...

未合并的路径：

（使用 "git add <文件>..." 标记解决方案）

双方修改： .gitignore

双方修改： src/main/java/org/broadinstitute/hellbender/tools/walkers/haplotypecaller/AssemblyBasedCallerUtils.java

*** !!! 人工校正 <<<<<<< (当前分支冲突内容) ======= (远程冲突内容) >>>>>>> 相关冲突内容

git add .
git commit -m "merge description"

Step 3: Merge the changes and update on GitHub.

切换回 master 分支，并将分支 (broadinstitute-master) 内容合并到 master 分支

git checkout master
git merge --no-ff broadinstitute-master

push 到远程仓库

git push origin master

Step 4: (optional) delelte new created temp branch

remove the (local) branch broadinstitute-master

git branch -d broadinstitute-master

调整 jar 构建版本

SNAPSHOT build

git describe
git tag 4.5.0.0 -m "YY product"
git describe
# git push origin --tags

or build for current release

./gradlew localJar -Drelease=true -DversionOverride=4.5.0.0