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<!DOCTYPE html>
<html xmlns="http://www.w3.org/1999/xhtml" xml:lang="en" lang="en-us">
<head>
<meta charset="UTF-8"/>
<title>CoVizu</title>
<meta name="description"
content="CoVizu: Real-time analysis and visualization of the global diversity of SARS-CoV-2 genomes.">
<link rel="stylesheet" href="https://code.jquery.com/ui/1.12.1/themes/base/jquery-ui.css">
<link rel="stylesheet" href="css/style.css">
<link rel="stylesheet" href="css/driver.min.css">
<script src="js/jquery.js"></script>
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<body>
<script>
/*
Language translations for text in other files.
Change this for every index-lang.html
Note: we cannot display HTML in title attribute, i.e., é will not render.
*/
var i18n_text = {
// time-tree legend titles
region_legend: {
"Africa": "África", // English -> lang
"Asia": "Asia",
"China": "China",
"Europe": "Europa",
"North America": "América del Norte",
"Oceania": "Oceania",
"South America": "América del Sur"
},
sample_legend: "Tamaño de la muestra (log10)",
coldate_legend: "Colección mas reciente",
diverge_legend: "Divergencia (reloj molecular estricto)",
infections_legend: "Infecciones previstas (log10, en aumento)",
infections_tooltip: "Infecciones previstas",
total: "Total",
sampled: "Muestreadas",
displayed: "Mostradas",
dsc_infections: "Infecciones en disminución",
null_infections: "N/A",
// side bar data statistics
last_update: "Última actualización",
number_genomes: "Número de genomas",
number_lineages: "Número de linajes",
number_cases: "Número de casos",
region: "Región",
countries: "Países",
samples: "Muestras",
// tooltips
tip_diffs: "Distancia media desde el origen",
tip_residual: "Desviación del reloj", //??
tip_cases: "Número de casos",
tip_varcount: "Número de variantes",
tip_coldates: "Fecha de colección",
tip_mutations: "Mutaciones",
vedge_parent: "Padre",
vedge_child: "Hijo",
vedge_distance: "Distancia genómica",
vedge_support: "Soporte",
vedge_coldate: "Fecha de colección",
hedge_unique_dates: "Fechas de colección únicas",
hedge_coldates: "Fechas de colección (Mostradas)",
sample_orig_lab: "Laboratorio de origen",
sample_subm_lab: "Laboratorio de origen",
sample_authors: "Autores",
// walkthrough tour
tour_tree_title: "Árbol filogenético",
tour_tree_desc: "Árbol filogenético escalado en el tiempo que resume los ancestros comunes de diferentes linajes de SARS-CoV-2.",
tour_lin_title: "Linajes",
tour_lin_desc: "Para cada linaje dibujamos un rectángulo que representa el rango de fechas de recolección de las muestras asociadas al linaje. Para explorar las muestras dentro de un linaje y mostrar el diagrama de perlas asociado, haga clic en el rectángulo.",
tour_legend_title: "Opciones de color para el árbol",
tour_legend_desc: "En este momento, el árbol está coloreado por divergencia. Explore otras opciones a través del menú desplegable.",
tour_beadplot_title: "Diagrama de perlas",
tour_beadplot_desc: "Usamos diagramas de perlas para visualizar las diferentes variantes de SARS-CoV-2 dentro de un linaje, dónde y cuándo se han recolectado, y cómo están relacionadas entre sí.",
tour_bead_title: "Perlas",
tour_bead_desc: "Las perlas indican cuándo se recolectó esa variante. El área de la perla está escalada en proporción al número de veces que se recolectó la variante ese día. Los colores representan la región geográfica más común de las muestras.",
tour_variant_title: "Variante",
tour_variant_desc: "Cada segmento de línea horizontal representa una variante, es decir, virus con genomas idénticos. Si la línea es gris y no tiene conteos asociados, entonces es una variante no muestreada. Esto significa que dos o más variantes muestreadas descienden de una variante ancestral que no ha sido observada directamente.",
tour_search_title: "Barra de búsqueda",
tour_search_desc: 'Puede usar la barra de búsqueda para encontrar una muestra específica dentro de un rango de fechas especificado. Use los botones "Anterior" y "Siguiente" para iterar a través de los resultados de búsqueda, y el botón "Borrar" para restablecer la interfaz de búsqueda.',
tour_tables_title: "Tablas de resumen",
tour_tables_desc: "Alterne entre las diferentes pestañas para ver un resumen de los países, muestras y mutaciones de un diagrama de perlas o perla específica.",
tour_end_title: "¡Eso es todo!",
tour_end_desc: `Eso es todo. Haga clic aquí si alguna vez desea volver a la visita rápida. Para obtener más ayuda, también puede hacer clic en los iconos
<a style="text-decoration: none;" href="https://en.wikipedia.org/wiki/Shoshinsha_mark" target="_new">
🔰</a>.`,
next_bttn: 'Siguiente',
previous_bttn: 'Anterior',
close_bttn: 'Cerrar',
done_bttn: 'Completar',
// miscellaneous
okay: "De acuerdo!",
got_it: "Entiendo",
tour: "Tour rápido",
loading: `Cargando. Por favor espere...`,
loading_json: "Cargando archivos JSON desde el servidor (~10s)...",
country_theaders: ["Región", "País", "Conteo"],
sample_theaders: ["Accesión", "Nombre", "Fecha"],
mutation_threaders: ["Mutación", "Frecuencia", "Fenotipo"],
phenotypes: {
'Vaccine neutralization efficacy': 'Eficacia de vacunas en neutralización', //English -> translated
'Anthropozoonotic events': 'Evento Antropozoonótico',
'Gene expression increase': 'Incremento en la expresión de genes',
'ACE2 receptor binding affinity': 'Afinidad de unión al receptor ACE2',
'Monoclonal antibody serial passage escape': 'Escape serial a anticuerpos monoclonales',
'Convalescent plasma escape': 'Escape a plasma convaleciente',
'Antibody epitope effects': 'Efectos en el epítope de unión a Anticuerpos'
}
};
</script>
<div class="tooltip" id="tooltipContainer"></div>
<div class="modal">
<div class="modal-content">
<h2 class="modal-title">Search Error</h2>
<div class="modal-text"></div>
<a class="closeBtn" href="javascript:void(0)">x</a>
</div>
</div>
<div class="app">
<div class="app-left">
<div class="bar" style="top: 10px; left: 10px; z-index:10" >
<!-- <span style="display: inline-block; width: 250px; vertical-align: top"> -->
<div class="legend-container">
<label for="select-tree-colours">Colorear árbol por:</label>
<select name="tree-colours" id="select-tree-colours">
<option value="Region">Región</option>
<option value="No. samples">No. muestras</option>
<option value="Collection date">Fecha de colección</option>
<option value="Divergence">Divergencia</option>
<option value="Infections" selected>Infecciones</option>
</select>
<div class="legend" id="div-region-legend"></div>
<div class="legend" id="svg-sample-legend"></div>
<div class="legend" id="svg-coldate-legend"></div>
<div class="legend" id="svg-diverge-legend"></div>
<div class="legend" id="svg-infections-legend"></div>
</div>
<!-- </span> -->
<!-- <span style="display: inline-block; vertical-align: top"> -->
<div class="search-bar-container">
<div id="search-bar">
<input type="search" id="search-input"
placeholder="e.g., B.1.351 or EPI_ISL_434070 or Canada">
<input id="start-date" class="dates"
placeholder="Start">
hasta
<input id="end-date" class="dates"
placeholder="End">
<span onclick="$('#help-search').dialog('open');" style="cursor: help">🔰</span>
</div>
<br/>
<div id="navigation" style="padding-top: 5px">
<button type="button" id="search-button">Buscar</button>
<button type="button" id="clear_button">Limpiar</button>
<button type="button" id="previous_button">Anterior</button>
<button type="button" id="next_button">Siguiente</button>
<div id="search_stats">
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<span>de</span>
<span id="tot_hits">0</span>
<span>puntos</span>
</div>
</div>
<div style="padding-top: 5px;">
<img id="loading" src="img/Loading_icon_cropped.gif"/>
<span id="loading_text"></span>
<span id="error_message"></span>
</div>
</div>
<!-- </span> -->
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<div class="tree-beadplot">
<div id="tree-vscroll">
<div id="tree-inner-vscroll"></div>
</div>
<div class="leftbox">
<div class="floattitle" id="tree-title">
<div>
Árbol del tiempo
<span class="clicker" title="Download time-scaled tree" onclick="save_timetree()">
NWK
</span>
<div class="clicker" title="Download lineage statistics as CSV" onclick="export_csv();"> CSV </div>
<span title="Timetree help" onclick="$('#help-timetree').dialog('open');" style="cursor: help">🔰</span>
</div>
<div>
<label for="display-tree">Display:</label>
<select name="display-tree" id="display-tree">
<option value="Non-Recombinants" selected="selected">Non-Recombinants</option>
<option value="XBB Lineages">XBB Lineages</option>
<option value="Other Recombinants">Other Recombinants</option>
</select>
</div>
</div>
<div id="tree-cutoff" style="position: relative;">
<div id="cutoff-date"></div>
<img id="loading-tree" src="img/Loading_icon_cropped.gif"/>
</div>
<div class="floattile" id="tree-slider">
<div id="tree-slider-handle" class="ui-slider-handle"></div>
</div>
<div id="cutoff-line" style="visibility: hidden"></div>
<div class="floattitle" id="svg-timetreeaxis" style="top: 58px; z-index: 13"></div>
<div class="tree-container">
<div class="tree-content" id="svg-timetree" style="width: 250px; max-width: 250px;">
</div>
</div>
</div>
<div class="middlebox">
<div class="floattitle" id="beadplot-title">
<div>Diagrama de perlas</div>
<div class="clicker" id="beadplot-nwk" title="Descargar como árbol" onclick="save_beadplot();"> NWK </div>
<div class="clicker" title="Descargar como SVG" onclick="export_svg();"> SVG </div>
<div title="Ayuda del diagramma" onclick="$('#help-beadplot').dialog('open');" style="cursor: help">🔰</div>
<div class="edge-cuttoff">
<label style="vertical-align: middle;" for="vedge-slider">Límite para el vértice: </label>
<div id="left-arrow" class="arrow">
<div style="transform: translateY(-25%);" class="larrow">‹</div>
</div>
<div id="vedge-slider">
<div id="custom-handle" class="ui-slider-handle"></div>
</div>
<div id="right-arrow" class="arrow">
<div style="transform: translateY(-25%);" class="rarrow">›</div>
</div>
</div>
<label class="expand" style="vertical-align: middle;"> Extender: </label>
<label class="switch">
<input type="checkbox" id="expand-option">
<span class="slider round"></span>
</label>
</div>
<div class="floattitle" id="svg-clusteraxis" style="top: 58px; z-index: 14"></div>
<div id="beadplot-hscroll">
<div id="inner-hscroll"></div>
</div>
<div class="beadplot-content" id="svg-cluster"></div>
</div>
<div id="beadplot-vscroll">
<div id="inner-vscroll"></div>
</div>
</div>
</div>
<div class="app-right">
<div>
<div style="top: 0; right: 0; z-index: 10; width: 270px">
<a href="https://github.com/PoonLab/covizu" target=“_new” class="github-corner" aria-label="View source on GitHub">
<!-- https://github.com/tholman/github-corners -->
<svg width="80" height="80" viewBox="0 0 250 250" style="fill:#151513; color:#fff; position: absolute; top: 0; border: 0; right: 0; z-index: 21" aria-hidden="true">
<path d="M0,0 L115,115 L130,115 L142,142 L250,250 L250,0 Z"></path>
<path d="M128.3,109.0 C113.8,99.7 119.0,89.6 119.0,89.6 C122.0,82.7 120.5,78.6 120.5,78.6 C119.2,72.0 123.4,76.3 123.4,76.3 C127.3,80.9 125.5,87.3 125.5,87.3 C122.9,97.6 130.6,101.9 134.4,103.2" fill="currentColor" style="transform-origin: 130px 106px;" class="octo-arm"></path>
<path d="M115.0,115.0 C114.9,115.1 118.7,116.5 119.8,115.4 L133.7,101.6 C136.9,99.2 139.9,98.4 142.2,98.6 C133.8,88.0 127.5,74.4 143.8,58.0 C148.5,53.4 154.0,51.2 159.7,51.0 C160.3,49.4 163.2,43.6 171.4,40.1 C171.4,40.1 176.1,42.5 178.8,56.2 C183.1,58.6 187.2,61.8 190.9,65.4 C194.5,69.0 197.7,73.2 200.1,77.6 C213.8,80.2 216.3,84.9 216.3,84.9 C212.7,93.1 206.9,96.0 205.4,96.6 C205.1,102.4 203.0,107.8 198.3,112.5 C181.9,128.9 168.3,122.5 157.7,114.1 C157.9,116.9 156.7,120.9 152.7,124.9 L141.0,136.5 C139.8,137.7 141.6,141.9 141.8,141.8 Z" fill="currentColor" class="octo-body"></path>
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</a>
</div>
<div class="rightbox">
<div class="sticky">
<div style="padding-top: 10px; cursor: help;">
<h1><span id="intro" onclick="$('#splash').dialog('open');">CoVizu</span></h1>
</div>
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<a href="index.html">en</a>
<a href="index-es.html">es</a>
<a href="index-fr.html">fr</a>
<a href="index-zh.html">zh</a>
</div>
<div style="padding-top: 10px; padding-right: 6px;">
<h3>Visulización en tiempo real de la variación genómica de SARS-CoV-2 (hCoV-19)</h3>
</div>
<span style="width: 250px">
<div class="gisaid">Habilitado por datos de <a href="https://gisaid.org" target="_new">
<img src="https://www.gisaid.org/fileadmin/gisaid/img/schild.png"
height="24px"/>
</a>
</div>
</span>
</div>
<p>
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</p>
<div id="tabs">
<ul>
<li style="font-size: 0.8em"><a href="#tabs-1">Países</a></li>
<li style="font-size: 0.8em"><a href="#tabs-2">Muestras</a></li>
<li style="font-size: 0.8em"><a href="#tabs-3">Mutaciones</a></li>
</ul>
<div id="tabs-1">
<div class="breaker" id="barplot"></div>
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<div id="tabs-2">
<div id="seqtable-hint" class="hint">
Pasa sobre las accesiones (EPI_ISL_#) para mostrar información sobre laboratorios y autores
</div>
<div style="overflow-y: auto; overflow-x: hidden; max-height: 200px" id="seq-table"></div>
</div>
<div id="tabs-3">
<div id="muttable-hint" class="hint">
Anotaciones fenotípicas obtenidas a partir de <a href="https://github.com/nodrogluap/pokay">Pokay</a>,
curadas por <a href="https://people.ucalgary.ca/~gordonp/">Paul Gordon</a> y su equipo.
<br/>
<div class="clicker" title="Descargar la frecuencia de las mutaciones a un archivo CSV" onclick="export_muttable();"> CSV </div>
</div>
<div style="overflow-y: auto; overflow-x: hidden; max-height: 200px" id="mut-table"></div>
<table id="muttable-legend" class="legend"></table>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
<div id="splash" title="Welcome">
<p>
<b>CoVizu</b> es un <a href="https://github.com/PoonLab/CoVizu" target="_new">proyecto de código abierto</a>
creado con el objetivo de visualizar la diversidad global de los genomas de SARS-CoV2, obtenidos
a partir de la <a href="https://gisaid.org" target="_new">iniciativa GISAID</a>.
</p>
<p>
Este sitio está compuesto de dos visualizaciones interactivas.
En la izquierda, se muestra un <a href="https://en.wikipedia.org/wiki/Phylogenetic_tree" target="_new">
árbol filogenético</a> que resume las relaciones evolutivas entre diferentes
<a href="https://cov-lineages.org" target="_new">linajes de SARS-CoV-2</a> (agrupar virus con genomas similares
es útil para detectar brotes relaciones en diferentes lugares; <a href="https://www.nature.com/articles/s41564-020-0770-5" target="_new">Rambaut
<i>et al.</i> 2020</a>).
Puedes navegar entre diferentes linajes haciendo click en sus respectivas ramas.
</p>
<p>
Al seleccionar un linaje, se muestra una visulización de "beadplot" en el centro de la página.
Cada línea horizontal representa una o más muestras de SARS-CoV-2 con la misma secuencia genómica.
Líneas verticales a lo largo de dicha línea representa las fechas en las cuales estas variantes fueron colectadas.
</p>
<p>
Para más ayuda has click en los
<a style="text-decoration: none;" href="https://en.wikipedia.org/wiki/Shoshinsha_mark" target="_new">
🔰</a>íconos.
</p>
</div>
<div id="help-timetree" title="Help: Time-scaled tree interface">
<p>
Un árbol filogenético es un modelo que permite establecer relaciones entre diferentes
poblaciones que comparten un ancestro común.
La filogenia mostrada aquí (generada con <a href="https://github.com/neherlab/treetime">
TreeTime</a> v0.8.0) resume el ancestro común de los diferentes
<a href="https://cov-lineages.org" target="_new">linajes de SARS-CoV-2</a>, que han sido
definidos agrupando virus de acuerdo a la similitud de sus genomas.
</p>
<p>
Sobre el árbol se encuentra una escala de tiempo con las
<a href="https://en.wikipedia.org/wiki/ISO_8601" target="_new">fechas</a>.
El primer ancestro (la raíz) está dibujado a la izquierda, y los descendientes observados más recientemente
se encuentran a la derecha.
Las fechas del ancestro común fueron estimadas comparando los genomas asumiendo
una <a href="http://virological.org/t/phylodynamic-analysis-176-genomes-6-mar-2020/356" target="_new">tasa constante</a> de evolución.
</p>
<p>
Para cada linage dibujamos un rectángulo que resume el rango en el que las muestras fueron colectadas.
El rectángulo es además coloreado de acuerdo a la región geográfica en la cual las muestras fueron colectadas con mayor frequencia.
Para explorar las muestras al interior de un linage, haga click en la etiqueta (<i>e.g.,</i> "B.4")
o en el rectángulo para obtener el "beadplot" asociado.
</p>
</div>
<div id="help-beadplot" title="Help: Beadplot interface">
<p>
Los "beadplots" permiten visualizar las diferentes variantes of SARS-CoV-2 al interior de un
<a href="https://cov-lineages.org" target="_new">linage</a>, dónde y cuándo
han sido colectados, y cómo se relacionan entre ellos.
Cada objeto en el "beadplot" contiene información adicional en los mensajes emergentes
(que se obtienen al pasar sobre el objeto con el mouse).
</p>
<p>
Cada segmento horizontal representa una variante – virus con
<span class="hint" title="It's a bit more complicated. Many genomes are identical in sequence, but many more have missing information - parts of the genome that have not been sequenced. Since we can't be 100% certain two genomes with missing parts are identical, we randomly re-sample genomes 100 times (non-parametric bootstrap) and evaluate how often they are separated in our analysis.">genomas idénticos</span>
Las círculos (beads) dibujados a través de las líneas indican la fecha de colección de la variante.
Si no hay más círculos en la línea y ésta es gris, esto representa una variante que no ha sido muestreada:
dos o mas variantes colectadas descienden de una variante ancestral que no ha sido
directamente observada.
</p>
<p>
El área del círculo es proporcionl al número de veces que una variante
ha sido muestreada ese día.
Esto es relevante para epidemias que en las que el se toman muestras con mucha
frequencia, <i>e.g.,</i> linage D.2 in Australia.
Los círculos son <span class="hint" title="Refer to the barplot in the Countries tab in the right panel for a colour legend.">coloreados</span>
con respecto a la región geográfica muestrada más comñun en las muestras.
</p>
<p>
Los líneas verticales conectan las variantes con sus
<span class="hint" title="The direction of ancestor-descendant relationships is, in effect, determined by degree size. This is a crude estimate, so be cautious about interpreting the directionality of these relationships.">ancestros comunes</span>.
Éstas relaciones son estimadas usando el método <a href="https://en.wikipedia.org/wiki/Neighbor_joining">neighbor-joining</a> implementado en
<a href="https://birc.au.dk/software/rapidnj/">RapidNJ</a>.
Los mensajes emergentes sobre cada línea vertical contienen reportes sobre la cantidad de diferencias genéticas (mutaciones)
entre el ancestro y su descendiente, esto es, "distancia genética".
Dado que la reconstrucción exacta de cuándo estas mutaciones ocurrieron es extremedamente complicada,
decidimos mapear cada línea a el momento en que dicha muestra fue colectada.
</p>
</div>
<div id="help-search" title="Help: Search interface">
<p>
Dado que la cantidad de muestras de infecciones que se desea visualizar es abrumadora,
nuestro equipo ha construido una interfaz con la cual los y las usuarias pueden interactuar
usando las diferentes opciones de búsqueda que se encuentran en la parte superior de la página.
</p>
<p>
El campo de texto puede ser usado para encontrar muestras específicas usando el número de accessión de GISAD.
Esta utilidad cuenta además con una función de autocompletar para encontrar posibles muestras con
accesiones similares.
También es posible buscar muestras con fragmentos del código.
Por ejemplo, buscando por "Madaga" y presionando enter, se visualizará
el primer linaje que contenga una muestra de Madagascar.
</p>
<p>
Usando el botón "Anterior" se puede iterar a través del resultado de la búsqueda, y el botón
"Limpiar" resetea la interfaz.
</p>
</div>
<div id="dialog" title="Acknowledgements">
<p>
Nos gustaría agradecer a GISAID Initiative y a todas las personas que han contribuído con sus datos,
i.e. Autores, laboratorios originarios responsables por la obtención de los especímenes, y
laboratorios que han generado las secuencias genéticas y la metadata en la cual se basa esta investigación
y que ha sido compartida a través de GISAID Initiative.
</p>
<p>
Elbe, S., and Buckland-Merrett, G. (2017)
Data, disease and diplomacy: GISAID’s innovative contribution to global health.
<i>Global Challenges</i>, 1:33-46.<br/>
DOI: <a href="https://doi.org/10.1002/gch2.1018" target=“_new”>10.1002/gch2.1018</a>
PMCID: <a href="https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/31565258/" target=“_new”>31565258</a>
</p>
<p>
Nota: En caso de compartir los resultados de éstos análisis en tu manuscrito, asegúrate
de reconocer a los contribuidores, i.e. " Nos gustaría agradecer a GISAID Initiative y a todas
las personas que han contribuído con sus datos, i.e. Autores, laboratorios originarios
responsables por la obtención de los especímenes, y laboratorios que han generado las secuencias
genéticas y la metadata en la cual se basa esta investigación y que ha sido compartida
a través de GISAID Initiative."
</p>
<p>
Además, recuerda citar las siguientes referencias:
Shu, Y., McCauley, J. (2017) GISAID: From vision to reality. <i>EuroSurveillance</i>, 22(13)<br/>
DOI: <a href="https://www.eurosurveillance.org/content/10.2807/1560-7917.ES.2017.22.13.30494" target=“_new”>10.2807/1560-7917.ES.2017.22.13.30494</a>
PMCID: <a href="https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC5388101/" target=“_new”>PMC5388101</a>
</p>
</div>
<footer class="footer">
Los datos proporcionados por GISAID en su página web están sujetos a
<a href="https://www.gisaid.org/DAA/" target=“_new”>Términos y Condiciones</a>
  
<button class="ack" id="ack-open" onclick="console.log('click');">Agradecimientos</button>
</footer>
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