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tunicata_chaetognatha.qmd
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tunicata_chaetognatha.qmd
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# Tunicata - Chaetognatha
```{r, echo=FALSE}
source("init.R")
```
## Chaetognatha
Les Chaetognatha, organismes carnivores, forment un phylum où une septantaine d'espèces sont pélagiques. Ils possèdent un **corps séparé en trois parties** (tête, tronc et queue) bien visibles, et sont surtout reconnaissables par la présence de crochets au niveau de la tête [@pierrotsbults2017] .
```{r}
#| fig-cap: "Vignette représentant un Chaetognatha. A : tête ; B : tronc ; C : queue ; D : crochets."
knitr::include_graphics(path = "figures/classif3/chaetognatha.png")
```
```{r}
#| fig-cap: "Série de vignettes de Chaetognatha."
dir <- stringr::str_subset(direction, "Tunicata - Chaetognatha/Chaetognatha")
plot_classification(dir)
```
## Tunicata
### Appendicularia
#### Appendicularia complete
Les Appendicularia forment une classe au sein des Tunicata. Contrairement aux chaetognathes, leur **corps est subdivisé en deux parties** : le tronc et la queue. Le tronc secrète une « maison gélatineuse », qui sert à l'alimentation de l'organisme par filtration de petites particules présentes dans l'eau. Cependant, elle est généralement absente ou endommagée si l'échantillonnage est effectué avec un filet [@gorsky2017].
```{r}
#| fig-cap: "Vignette représentant un Appendicularia. A : tronc ; B : queue."
knitr::include_graphics(path = "figures/classif3/appendicularia_comp.png")
```
```{r}
#| fig-cap: "Série de vignettes de Appendicularia complet."
dir <- stringr::str_subset(direction, "Appendicularia complete")
plot_classification(dir)
```
#### Appendicularia tails
Il n'est pas rare que, lors de l'échantillonnage, le tronc et la queue de l'appendiculaire se retrouvent séparés [@michaels1990]. Ces queues sont reconnaissables de par leur **forme étirée**, ainsi que par la **bande plus dense formée par les muscles** de la queue. La notochorde peut **parfois** être visible, apparaissant comme une **zone plus claire au milieu de la masse musculaire** [@gorsky2017].
```{r}
#| fig-cap: "Vignette représentant une queue d'Appendicularia. A : masse musculaire ; B : notochorde."
knitr::include_graphics(path = "figures/classif3/appendicularia_tails.png")
```
```{r}
#| fig-cap: "Série de vignettes de queues d'Appendicularia."
dir <- stringr::str_subset(direction, "Appendicularia tails")
plot_classification(dir)
```
### Thaliacea
A l'instar des Appendicularia, les Thaliacea forment une classe au sein des Tunicata. Dans cette étude, seules les familles Doliolidae et Salpidae sont considérées. Celles-ci possèdent une **forme de baril**, et sont aisément reconnaissables de par les **bandes musculaires qui encerclent le corps** [@licandro2017].
```{r}
#| fig-cap: "Vignette représentant un Thaliacea. A : bandes musculaires."
knitr::include_graphics(path = "figures/classif3/thaliacea.png")
```
```{r}
#| fig-cap: "Série de vignettes de Thaliacea."
dir <- stringr::str_subset(direction, "Thaliacea")
plot_classification(dir)
```