diff --git a/cg/meta/report/templates/balsamic_report.html b/cg/meta/report/templates/balsamic_report.html
index e9e7313b73..755ff2a52f 100644
--- a/cg/meta/report/templates/balsamic_report.html
+++ b/cg/meta/report/templates/balsamic_report.html
@@ -168,12 +168,13 @@
Kundinformation
Läspar [M] |
Mediantäckning [baser] |
{% if "helgenomsekvensering" in case.data_analysis.type %}
- {% if "normal" in case.data_analysis.type %}
- Täckningsgrad 15x [%] |
- Täckningsgrad 60x [%] |
- {% else %}
- Täckningsgrad 60x [%] |
- {% endif %}
+ {% if "normal" in case.data_analysis.type %}
+ Täckningsgrad 15x [%] |
+ Täckningsgrad 60x [%] |
+ {% else %}
+ Täckningsgrad 60x [%] |
+ {% endif %}
+ PCT_PF_READS_IMPROPER_PAIRS [%] |
{% else %}
Täckningsgrad 250x [%] |
Täckningsgrad 500x [%] |
@@ -197,6 +198,7 @@ Kundinformation
{% else %}
{{ sample.metadata.pct_60x }} |
{% endif %}
+ {{ sample.metadata.pct_pf_reads_improper_pairs }} |
{% else %}
{{ sample.metadata.median_target_coverage }} |
{{ sample.metadata.pct_250x }} |
@@ -217,7 +219,9 @@ Kundinformation
Duplikat: Sekvenseringsläsningar som är i duplikat och därmed ej unika sekvenser. Hög mängd duplikat kan tyda på dålig komplexitet av sekvenserad bibliotek eller djup sekvensering.
Medelfragmentlängd: Medelstorlek av provbiblioteken som laddats på sekvenseringsinstrument. <200bp kan tyda på degraderade provmaterial (t.ex. FFPE), innan biblioteksberedning.
Fold 80 base penalty: Jämnhet av täckningsgraden över alla gener i analyspanlen. Ett värde mellan 1.0-1.8 visar god jämnhet.
- {% if "panelsekvensering" in case.data_analysis.type %}
+ {% if "helgenomsekvensering" in case.data_analysis.type %}
+ PCT_PF_READS_IMPROPER_PAIRS: The fraction of (primary) reads that are *not* "properly" aligned in pairs.
+ {% else %}
GC dropout: A measure of how undercovered >= 50% GC regions are relative to the mean. E.g. if the value is 5% this implies that 5% of total reads that should have mapped to GC<=50% regions mapped elsewhere.
{% endif %}