diff --git a/.gitignore b/.gitignore
old mode 100644
new mode 100755
diff --git a/R/first_analysis_urchin_bio.R b/R/first_analysis_urchin_bio.R
deleted file mode 100644
index a83d055..0000000
--- a/R/first_analysis_urchin_bio.R
+++ /dev/null
@@ -1,22 +0,0 @@
-# Découverte du jeu de données portant sur la biometiue d'oursins
-# Author : ...
-# Date : 2018-09-..
-
-# Importation des principaux outils permetant l'analyse des données
-SciViews::R
-options(data.io_lang = "fr")
-
-# Importation des données
-urchin_bio <- read(package = "data.io", "urchin_bio")
-
-# Information sur le jeu de données dans R
-about("urchin_bio")
-
-# Réalisation de graphique ####
-## hauteur en fonction de la masse des oursins
-
-
-## parties solides en fonction du poids immergés
-
-
-## ...
diff --git a/R/urchin_bio.R b/R/urchin_bio.R
new file mode 100755
index 0000000..34c65e8
--- /dev/null
+++ b/R/urchin_bio.R
@@ -0,0 +1,27 @@
+# Découverte du jeu de données portant sur la biométrie d'oursins
+# Author : ...
+# Date : 2018-09-..
+
+
+# setup -------------------------------------------------------------------
+# Importation des principaux outils et paramétrisation
+SciViews::R
+options(data.io_lang = "fr") # Labels en français
+
+
+# importation -------------------------------------------------------------
+urchin <- read("urchin_bio", package = "data.io")
+
+.?urchin
+View(urchin)
+
+
+# graphiques --------------------------------------------------------------
+
+# hauteur en fonction de la masse des oursins
+
+
+# parties solides en fonction du poids immergés
+
+
+# ...
diff --git a/README.md b/README.md
old mode 100644
new mode 100755
index eef1143..f4bfe10
--- a/README.md
+++ b/README.md
@@ -1,44 +1,42 @@
-# Travaux pratiques sur la science des données : visualisation et inférence
-## Biométrie de *Paracentrotus lividus* Lamarck (1816)
+# Biométrie de *Paracentrotus lividus* Lamarck (1816)
## Introduction
Les données employées dans le cadre de cette étude proviennent des recherches du professeur Philippe Grosjean portant sur la croissance de *Paracentrotus lividus* Lamarck (1816).
-Vous trouverez des informations importantes via la fonction
+Vous trouverez des informations importantes depuis R comme ceci :
```
-about("urchin_bio")
+?urchin_bio
```
-## Module 2
+## Instructions
-### Visualisation graphique à l'aide du nuage de points.
+Vous pouvez vous inspirer d'un exemple d'analyse sur le jeu de données `iris`, voir [sdd1_iris](https://github.com/BioDataScience-Course/sdd1_iris).
-Réalisez votre propre script et réalisez les graphiques suivants :
-- Représentez la variation de la hauteur en fonction de la masse des oursins
+### Partie 1 : travail avec les scripts R
-- Représentez la variation des parties solides en fonction du poids immergés des oursins
+- Ouvrez /R/urchin_bio.R
-- Explorez par vous-même le jeu de données urchin_bio qui contient pas moins de 19 variables que vous pouvez tentez d’associer graphiquement. Réalisez au moins 5 graphiques différents.
+- Etudiez le contenu du fichier, et voyez l'aide en ligne
-Vous trouvez à votre disposition dans le dossier `R`
+- Représentez la hauteur en fonction de la masse des oursins
-- Un script à compléter portant sur le jeu de données `urchin_bio`
+- Représentez les parties solides en fonction de la masse immergées des oursins
-Un exemple de script portant sur le jeu de données `iris` se trouve dans le dossier R du projet [sdd1_iris](https://github.com/BioDataScience-Course/sdd1_iris).
+- Explorez par vous-même le jeu de données urchin qui contient pas moins de 19 variables que vous pouvez représenter graphiquement. Réalisez au moins 5 graphiques différents.
-### Intégration des graphiques dans un rapport : Rmarkdown.
-Vous trouvez à votre disposition dans le dossier `analysis`
+### Partie 2 : rapport R Markdown
-- Un fichier `urchin_biom_analysis.Rmd`, analysez le jeu de données `urchin_bio`
+- Un embryon de rapport se trouve dans le sous-dossier `analysis`
-- Intégrez vos graphiques les plus pertinent dans la section résultat de votre rapport d'analyse.
-- Débutez la rédaction de votre rapport en apportant une attention toute particulière à la rédaction correcte d'un rapport scientifique
+- Insérez vos graphiques les plus pertinents (issu de votre travail dan la partie 1) dans la section résultat de votre rapport d'analyse.
+- Débutez la rédaction de votre rapport en apportant une attention toute particulière à la structure et au style scientifique (inspirez-vous du rapport sur `iris`).
-Un exemple de rapport portant sur le jeu de données `iris` se trouve dans le dossier analysis du projet [sdd1_iris](https://github.com/BioDataScience-Course/sdd1_iris).
+**Bonus :**
-**Bonus : Tentez d'ajouter une image dans votre introduction de rapport**
+- Ajoutez une ou deux images dans votre introduction de rapport (vous trouverez ces images dans le sous-dossier `figures`).
+- Citez la référence bibliographique qui se trouve dans le sous-dossier `bibliography`.
diff --git a/analysis/bibliography/bibliography.bib b/analysis/bibliography/urchin.bib
old mode 100644
new mode 100755
similarity index 100%
rename from analysis/bibliography/bibliography.bib
rename to analysis/bibliography/urchin.bib
diff --git a/analysis/figures/p_lividus.JPG b/analysis/figures/paracentrotus_lividus.jpg
old mode 100644
new mode 100755
similarity index 100%
rename from analysis/figures/p_lividus.JPG
rename to analysis/figures/paracentrotus_lividus.jpg
diff --git a/analysis/figures/structure_p_lividus.png b/analysis/figures/structure_p_lividus.png
old mode 100644
new mode 100755
diff --git a/analysis/urchin_bio.Rmd b/analysis/urchin_bio.Rmd
new file mode 100755
index 0000000..00603aa
--- /dev/null
+++ b/analysis/urchin_bio.Rmd
@@ -0,0 +1,17 @@
+---
+title: "..."
+author: "..."
+date: "..."
+output: html_notebook
+---
+
+```{r setup}
+SciViews::R
+options(data.io_lang = "fr") # Labels en français
+```
+
+
+```{r importation}
+urchin <- read("urchin_bio", package = "data.io")
+```
+
diff --git a/analysis/urchin_bio_analysis.nb.html b/analysis/urchin_bio.nb.html
old mode 100644
new mode 100755
similarity index 99%
rename from analysis/urchin_bio_analysis.nb.html
rename to analysis/urchin_bio.nb.html
index 2e397bf..58c137a
--- a/analysis/urchin_bio_analysis.nb.html
+++ b/analysis/urchin_bio.nb.html
@@ -147,7 +147,7 @@
@@ -181,22 +181,15 @@ …
-
-SciViews::R
-options(data.io_lang = "fr")
-
-
-urchin_bio <- read(package = "data.io", "urchin_bio")
-
-LS0tCnRpdGxlOiAiLi4uIgphdXRob3I6ICIuLi4iCmRhdGU6ICIuLi4iCm91dHB1dDogaHRtbF9ub3RlYm9vawotLS0KCmBgYHtyIHNldHVwc30KU2NpVmlld3M6OlIKb3B0aW9ucyhkYXRhLmlvX2xhbmcgPSAiZnIiKQpgYGAKCgpgYGB7cn0KdXJjaGluX2JpbyA8LSByZWFkKHBhY2thZ2UgPSAiZGF0YS5pbyIsICJ1cmNoaW5fYmlvIikKYGBgCgo=
+LS0tCnRpdGxlOiAiLi4uIgphdXRob3I6ICIuLi4iCmRhdGU6ICIuLi4iCm91dHB1dDogaHRtbF9ub3RlYm9vawotLS0KCmBgYHtyIHNldHVwfQpTY2lWaWV3czo6UgpvcHRpb25zKGRhdGEuaW9fbGFuZyA9ICJmciIpICMgTGFiZWxzIGVuIGZyYW7Dp2FpcwpgYGAKCgpgYGB7ciBpbXBvcnRhdGlvbn0KdXJjaGluIDwtIHJlYWQoInVyY2hpbl9iaW8iLCBwYWNrYWdlID0gImRhdGEuaW8iKQpgYGAKCg==
diff --git a/analysis/urchin_bio_analysis.Rmd b/analysis/urchin_bio_analysis.Rmd
deleted file mode 100644
index bea495a..0000000
--- a/analysis/urchin_bio_analysis.Rmd
+++ /dev/null
@@ -1,17 +0,0 @@
----
-title: "..."
-author: "..."
-date: "..."
-output: html_notebook
----
-
-```{r setups}
-SciViews::R
-options(data.io_lang = "fr")
-```
-
-
-```{r}
-urchin_bio <- read(package = "data.io", "urchin_bio")
-```
-
diff --git a/sdd1_urchin_bio.Rproj b/sdd1_urchin_bio.Rproj
old mode 100644
new mode 100755